最近一直在設(shè)計探針，從朋友的推薦中學(xué)習(xí)到了一個可以直接檢索人的tRF和對應(yīng)tRNA的網(wǎng)站，非常方便。
打開之后是這樣的界面：
這里只有人的數(shù)據(jù)，根據(jù)tRF在tRNA上的起始位置，把tRF分成了5類，分別是5‘-half,5'-tRF,i-tRF,3'-tRF,3'-half。根據(jù)對應(yīng)的tRNA所能夠攜帶的氨基酸，后面又做了區(qū)分。甚至更為精細(xì)的是，因為相同的氨基酸可能對應(yīng)不同的反密碼子，這里又多出了一個可以根據(jù)密碼子進(jìn)行檢索的功能。此外，右上角選擇框有一個Minimum RPM value值的選擇，這里我把它認(rèn)為值越大，在細(xì)胞中的表達(dá)量也就越高。右下角有對應(yīng)染色體，正鏈和負(fù)鏈位置來源的選擇，起始-終止位置也可以進(jìn)行輸入選擇。
這里，我選擇一個5’-tRF，其前體tRNA能夠轉(zhuǎn)運Cys,Anticodon選擇為All,最小RPM值為5000，Strand選擇為All，然后submit。網(wǎng)站檢索后出來下面的界面：
最后檢索結(jié)果有5條tRNA對應(yīng)著一條相同的tRF。點擊最后一列view tRNA alignment 中第一個框框，會出現(xiàn)下面的界面：
從上面我們可以直接看到明顯的前體tRNA序列和tRF序列。并且，用不同的顏色標(biāo)出了Dloop，Anticodon loop，anticodon，Tloop，CCT tail對應(yīng)的序列。真是太方便了！
