2020.01.22更新內(nèi)容，補(bǔ)充了堿基替換模型軟件和貝葉斯樹軟件。
序言：一點(diǎn)筆記整理，希望對(duì)看到的同學(xué)，老師有所幫助！
1.復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)狀進(jìn)化樹
splittree
（1）program language:C++
（2）Reference:10.1093/molbev/msj030(Molecular?Biology and Evolution，2006）
（4）Link:https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/splitstree5/welcome.html
Treemix
（1）program language:C++
（2）Reference:
? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1371/journal.pgen.1002967（Plos?Genetics，2012）
? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1038/ncomms2140（Nature?Communications，2012）
（3）Manual：
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?https://bitbucket.org/nygcresearch/treemix/wiki/Home
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?https://speciationgenomics.github.io/Treemix/
（4）Link:? ? https://speciationgenomics.github.io/Treemix/
2.傳統(tǒng)的二叉狀進(jìn)化樹
堿基替換模型
PartitionFinder
（1）program language：Python2.x
（2）Reference:10.1093/molbev/msw260（Molecular Biology and Evolution，2016）
（3）Manual：http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/assets/Manual_v2.1.x.pdf
（4）Link：http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/
ModelFinder
（1）program language：C++
（2）Reference:10.1038/nmeth.4285（Nature Methods，2017）
（3）Manual：http://www.iqtree.org/doc/Tutorial#choosing-the-right-substitution-model
（4）Link：http://www.iqtree.org/doc/Substitution-Models?
ModelTest-NG
（1）program language：C++
（2）Reference: 10.1093/molbev/msz189（Molecular Biology and Evolution，2020）
（3）Manual：http://www.phylo.org/system/expressionengine/uploads/modeltest_ng_manual.pdf
（4）Link：https://github.com/ddarriba/modeltest
ModelTeller
（1）program language：Random Forest learning algorithm
（2）Reference:10.1093/molbev/msaa154（Molecular Biology and Evolution，2020）
（3）Manual：https://modelteller.tau.ac.il/overview.html?
（4）Link：https://modelteller.tau.ac.il/index.html
ML tree
IQ-Tree
（1）program language：C++
（2）Reference:10.1093/molbev/msu300（Molecular?Biology and Evolution, 2015）
（3）Manual：http://www.iqtree.org/doc/
（4）Link：https://github.com/Cibiv/IQ-TREE
RAxML-NG
（1）program language：C++
（2）Reference:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1007/978-3-662-44753-6_16（Conference：workshop on algorithms in bioinformatics，2014）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/bioinformatics/btu033（Bioinformatics，2014）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/sysbio/syu084（Systematic? Biology，2015）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/bioinformatics/btv184（Bioinformatics，2015）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?10.1093/bioinformatics/btz305(Bioinformatics，2019)
（3）Manual：https://github.com/amkozlov/raxml-ng/wiki
（4）Link：https://github.com/amkozlov/raxml-ng
PhyML
（1）program language：C
（2）Reference:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/sysbio/syq010（Systematic?Biology，2010）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1016/j.tpb.2016.05.002（Theoretical? Population Biology，2016）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/sysbio/syy003（Systematic?Biology，2018）
（3）Manual：https://github.com/stephaneguindon/phyml/tree/master/doc
（4）Link：https://github.com/stephaneguindon/phyml
SNPhylo
（1）program? language：Shell
（2）Reference:：10.1186/1471-2164-15-162（BMC?Genomics?，2014）
（3）Manual：http://chibba.pgml.uga.edu/snphylo
（4）Link：
????????????????https://github.com/thlee/SNPhylo
????????????????http://chibba.pgml.uga.edu/snphylo
BuscoOrthoPhylo
（1）program language：Python
（2）Reference:：no published info
（3）Manual：https://github.com/PlantDr430/BuscoOrthoPhylo
（4）Link：https://github.com/PlantDr430/BuscoOrthoPhylo
FastTree
（1）program language：C
（2）Reference:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/molbev/msp077(Molecular?Biology and Evolution，2009）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1371/journal.pone.0009490(PLoS?ONE，2010)
（3）Manual：http://microbesonline.org/fasttree.
（4）Link:http://www.microbesonline.org/fasttree/
BI tree
MrBayes
（1）program language：C
（2）Reference:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/bioinformatics/17.8.754（Bioinformatics, 2001）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/bioinformatics/btg180（Bioinformatics,2003）
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/sysbio/sys029（Systematic? Biology，2012）
（3）Manual：
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?https://github.com/NBISweden/MrBayes/tree/develop/doc/manual
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.1038/s41559-017-0280-x（Nature?Ecology & Evolution?，2017）
（4）Link：https://github.com/NBISweden/MrBayes
ExaBayes
（1）program language：C，C++
（2）Reference:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?10.1093/molbev/msu236（Molecular Biology and Evolution, 2014）
（3）Manual：
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ??https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/exabayes/manual/manual.pdf
（4）Link：https://github.com/NBISweden/MrBayes
3.介于1&2的進(jìn)化樹
Treemix
PhyloNetworks
（1）program language：Julia
（2）Reference：10.1093/sysbio/syy033(Systematic?Biology，2018)
（3）Manual：https://crsl4.github.io/PhyloNetworks.jl/dev
（4）Link：https://github.com/crsl4/PhyloNetworks.jl
4.美化+調(diào)整
iTOL
（1）program language：no informations
（2）Reference：
????????????????????????????10.1093/bioinformatics/btl529（Bioinformatics?，2007）
????????????????????????????10.1093/nar/gkr201（Nucleic? acids research，2011）
????????????????????????????10.1093/nar/gkw290（Nucleic? acids research，2016）
????????????????????????????10.1093/nar/gkz239（Nucleic? ?acids research，2019）
（3）Manual：
????????????????????????https://itol.embl.de/help.cgi
????????????????????????https://itol.embl.de/video_tutorial.cgi
????????????????????????http://wap.sciencenet.cn/blog-3334560-1129581.html
（4）Link：https://itol.embl.de/
Evolview
（1）program? language：no informations
（2）Reference：
????????????????10.1093/nar/gks576（Nucleic? acids research，2012）
????????????????10.1093/nar/gkw370（Nucleic?acids research，2016）
? ? ? ? ? ? ? ? 10.1093/nar/gkz357（Nucleic? acids research，2019）
（3）Manual：https://www.evolgenius.info/evolview/helpsite/qst5.html
（4）Link：https://www.evolgenius.info/
ETE Tookit
（1）program language：Python
（2）Reference：10.1093/molbev/msw046（Molecular Biology and Evolution，2016）
（3）Manual：http://etetoolkit.org/cookbook/
（4）Link：http://etetoolkit.org/
