偶然發(fā)現(xiàn)2021年9月底10月初lefse基于python3版本重構(gòu)了，意味著不用再為了兼容語法和包不斷的找python2的資源了（喜大普奔?。。。酉聛砜匆幌轮貥?gòu)后的lefse版本安裝與使用
安裝可以說是非常簡單了，本文利用conda安裝，命令行如下：
conda create -n lefse?? ###建議創(chuàng)建獨立的lefse環(huán)境哦，避免base環(huán)境下安裝的東西太亂，崩潰后不好修補哦?。?！
conda activate lefse
conda install -c bioconda lefse???????
接下來就是下載要進行分析的demo數(shù)據(jù)：
wget https://github.com/biobakery/biobakery/raw/master/demos/biobakery_demos/data/lefse/input/hmp_small_aerobiosis.txt -O hmp_aerobiosis_small.txt
開始分析：
lefse_format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000??? ###表格處理，將下載的表格處理成lefse后面幾個腳本分析需要使用的特定格式，-c 1表示利用第一行作為分組的大類（主要分組）；-s 2表示表格第二行作為分組的小類（次級分組），-u 3表示樣本名稱在第三行，其中，-s和-u參數(shù)如果沒有需要給定參數(shù)值為-1（不可以不寫哦）；-o 參數(shù)表示對樣本中同一分類層級的物種使其總豐度為1000000，在差異物種較多時，調(diào)用該參數(shù)
lefse_run.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res? ###進行統(tǒng)計分析
lefse_plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png?? ###基于統(tǒng)計分析的結(jié)果繪制bar圖
lefse_plot_cladogram.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.cladogram.png --format png??? ###基于統(tǒng)計分析的結(jié)果繪制分類樹圖
mkdir biomarkers_raw_images? ###為下一步的每個物種分布bar圖繪制創(chuàng)建文件夾
lefse_plot_features.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res biomarkers_raw_images/??? ###每個物種分布bar圖繪制創(chuàng)建文件夾
lefse_plot_res.py腳本生成圖片
lefse_plot_cladogram.py腳本生成圖片
lefse_plot_features.py腳本生成的其中一張圖片
有些小伙伴問可不可以將下面的表格轉(zhuǎn)成lefse可以用的樣子
以上兩個表格轉(zhuǎn)化成下面這張圖的樣子
結(jié)論是，當然可以啦，本人寫了個腳本，python字典實現(xiàn)，版權(quán)問題，不展示啦！
