學(xué)個圖，事物都在更新，曼哈頓圖也是，基于ggpp在曼哈頓圖上加個分子結(jié)構(gòu)。
內(nèi)容一：在 ggplot2 繪圖中插入一張圖片（比如一個結(jié)構(gòu)圖或 LOGO）作為裝飾元素
代碼用 magick 包讀取一張名為 Robinin.png 的圖片，比如是一個化合物結(jié)構(gòu)圖（Robinin 是一種黃酮類化合物）
主要內(nèi)容：
曼哈頓圖（Manhattan Plot）
1. 縱軸（y軸）
顯示的是-log10(P值)，也就是每個SNP的顯著性水平。
P值越小，-log10(P)越大，點的位置越高，代表該SNP與目標(biāo)性狀關(guān)聯(lián)越顯著。
例如，P=1e-8對應(yīng)-log10(P)=8，非常顯著。
2. 橫軸（x軸）
顯示染色體上的SNP位置，多個染色體連成一條連續(xù)軸。
每個染色體的SNP點顏色交替，方便區(qū)分不同染色體。
3. 參考線
虛線：表示“suggestive”顯著性閾值（例如P=1e-5），提示可能的關(guān)聯(lián)信號。
實線：表示“genome-wide”顯著性閾值（例如P=5e-8），表示很強的關(guān)聯(lián)信號。
4. 關(guān)鍵點標(biāo)注
圖中標(biāo)出了最顯著的SNP（最高的點），用紅色和文字標(biāo)簽突出，方便快速定位重點。
5. 分子結(jié)構(gòu)圖嵌入
在圖的右上方用ggpp包嵌入了苯分子的結(jié)構(gòu)圖，這樣視覺效果更豐富，也可以結(jié)合生物學(xué)分子解釋。
6. 結(jié)合分子圖理解：嵌入的苯分子結(jié)構(gòu)可以幫助聯(lián)系生物化學(xué)機制或背景。
這張圖的特點：
直觀展現(xiàn)數(shù)千個SNP的顯著性水平。
染色體顏色區(qū)分便于瀏覽不同染色體數(shù)據(jù)。
顯著性閾值清晰，幫助篩選重要SNP。
集成了分子結(jié)構(gòu)圖，提升了圖像美觀和信息含量。
可擴展性強，只需替換分子圖路徑即可應(yīng)用于不同的分子示意圖。
生物信息學(xué)領(lǐng)域非常廣泛，難以一次說盡。我們下次繼續(xù)更新，一起深入學(xué)習(xí)生物信息學(xué)的內(nèi)容！
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