這三種圖的展示情況是類似的，因此，在SPDE中將其合并在一起。該模塊的界面如下：
在四個(gè)作圖模塊中，由于可設(shè)置的參數(shù)太多，給人以眼花繚亂的感覺。為了避免在這些參數(shù)上浪費(fèi)時(shí)間，在SPDE中，凡是用紅色標(biāo)注的是必填選項(xiàng)而其他參數(shù)都是后續(xù)可以調(diào)節(jié)的（如②和③）。同時(shí)，考慮到SCI的作圖習(xí)慣，在SPDE中，默認(rèn)的是Times new Roman字體，如果將結(jié)果保存成圖片格式（例如tif以及jpg格式），則默認(rèn)分辨率為600dpi，這些約定俗成的SCI作圖規(guī)則已經(jīng)給同學(xué)們都設(shè)置好，使不必設(shè)置，使直接可用。③ default colors是我根據(jù)一些SCI常用的配色為大家設(shè)置的，建議大家使用該模塊時(shí)，盡可能使用default colors且每點(diǎn)擊一次即會更換一次色彩，直到滿意。當(dāng)然，如果同學(xué)們對配色有自己的看法，也可以自行設(shè)置。當(dāng)點(diǎn)擊default colors時(shí)會在左面的框中顯示所使用的顏色，而點(diǎn)擊④則會出現(xiàn)調(diào)色板，如下圖：
可以使用調(diào)色板查找顏色，然后將顏色數(shù)值（該模塊中使用的時(shí)HTML格式）填入對應(yīng)位置即可。而①則是需要滿足的數(shù)據(jù)格式，點(diǎn)擊之后會出現(xiàn)：
該部分的數(shù)據(jù)格式是第一列是基因ID，后面兩列是某個(gè)結(jié)構(gòu)域或者啟動子元件或者motif的起始以及終止位置而最后一列則是其相應(yīng)名稱。為了使同學(xué)們能夠更加快速地獲得符合格式要求的文件，設(shè)置了domains模塊，如下：
首先是保守性motifs，該部分需要結(jié)合其他網(wǎng)站進(jìn)行，例如：
除該文件外，還要加入基因ID，在設(shè)置保存位置并且命名后，點(diǎn)擊format按鈕即可完成相關(guān)文件。如下圖：
對啟動子元件的分析也需要有基本的原始文件，植物的可以使用：
對于內(nèi)含子和外顯子的文件準(zhǔn)備來說，需要的是本物種的gff文件以及需要進(jìn)行外顯子和內(nèi)含子展示的基因的ID,注意這個(gè)ID指的是mRNA關(guān)鍵詞所在行上的ID,如下所示：
將相應(yīng)文件拖入相應(yīng)位置后，點(diǎn)擊按鈕即可生成，如下圖所示：
對蛋白結(jié)構(gòu)域來講，同樣需要分兩步進(jìn)行，首先需要進(jìn)行hmmsearch，具體方法如前所述。與之不同的是，在新的版本中，不再需要大家對HMM文件進(jìn)行格式化了，這次改進(jìn)程序，可以直接進(jìn)行計(jì)算了。在完成hmmsearch后，將結(jié)果放入到
而基因長度文件的生成則可以利用如下功能完成
