解讀相關(guān)專業(yè)術(shù)語(yǔ)

• 2個(gè)概念：胚系、體系突變
• 4種變異類型：SNV、Indel、融合/SV（大的易位/倒位/缺失）、CNV
• 2個(gè)免疫指標(biāo)：TMB、MSI
• 3個(gè)權(quán)威機(jī)構(gòu)指南：FDA（美國(guó)食品藥品監(jiān)管局）、NMPA（國(guó)家藥品監(jiān)管局）、NCCN（腫瘤學(xué)臨床實(shí)踐指南）

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體系變異解讀規(guī)則

• 癌癥變異解讀指南和標(biāo)準(zhǔn)（2017版）：AMP，ACMG，ASCO，CAP共同制定
• 胚系變異（ACMG規(guī)則）：致病性，變異與特定疾病或疾病誘因相關(guān)。病因相關(guān)
• 體系變異（2017版）：臨床效應(yīng)的分子標(biāo)記物，基因功能改變影響療效（敏感/耐藥/毒性）。臨床療效相關(guān)
• 2017版指南基于文獻(xiàn)綜述和工作組共識(shí)，從臨床和實(shí)驗(yàn)證據(jù)方面將變異分為四個(gè)等級(jí)：強(qiáng)烈臨床意義、潛在臨床意義、臨床意義未明、良性和疑似良性變異。其他公司機(jī)構(gòu)可參考這個(gè)進(jìn)行轉(zhuǎn)化分級(jí)，比如：

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• 2017版指南注意事項(xiàng)：

  
  
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體系變異和用藥解讀流程

• 遺傳分析流程：

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• 以EGFR p.L858R位點(diǎn)解讀為例：
  ①基因解析

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②變異解析

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③藥物查詢
NCCN指南

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FDA

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數(shù)據(jù)庫(kù)，如研究比較明確的位點(diǎn)：oncokb，my cancer genome等數(shù)據(jù)庫(kù)；研究不明確的：drugbank，DGIdb

④藥物解析

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查看全部文獻(xiàn)，取最高證據(jù)等級(jí)。

主要數(shù)據(jù)庫(kù)介紹

• My cancer genome
• CKB
• OncoKB
• CIViC