GEO和SRA

  1. GEO(Gene Expression Omnibus database):是一個(gè)儲(chǔ)存芯片、二代測序以及其他高通量測序數(shù)據(jù)的一個(gè)數(shù)據(jù)庫。

  2. GPL(GEO Platform):測序時(shí)使用芯片的平臺(tái)。

  3. GSM(GEO Sample):單個(gè)樣本的數(shù)據(jù)。

  4. GSE(GEO Series ):一個(gè)完整的研究中所使用的的全部數(shù)據(jù),包括多個(gè)GSM。

圖一

箭頭從上往下依次是:芯片平臺(tái)、樣本編號、ENA數(shù)據(jù)庫中對應(yīng)的編號(有時(shí)會(huì)還會(huì)有SRA數(shù)據(jù)庫對應(yīng)的編號)、芯片測得的原始數(shù)據(jù)。

原始數(shù)據(jù)下載解壓后如圖二


圖二

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SRA數(shù)據(jù)庫解讀

測序平臺(tái)介紹

測序和芯片的區(qū)別

測序和芯片的區(qū)別

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