cytoscape 3.6.1 簡單操作筆記

構(gòu)建網(wǎng)絡

  • 導入數(shù)據(jù)構(gòu)建網(wǎng)絡

1、 File->Import->Network-->File;或者直接點擊快捷選項.


2、選擇你要建立連接的兩列，Source列為自身id，target列為當前id所在的簇

3、設置好之后點擊 OK


  • 導入Lable文件（也就是后面提到的Column選擇的對象）

1、導入節(jié)點屬性File->Import-> Table 選擇需要導入的屬性文件（如選擇每個節(jié)點對應的簇）點擊 import，或者直接點擊快捷選項.



2、默認設置，點擊OK


  • 設置網(wǎng)絡風格

    Control Panel -> Style


1、Style —>Network—>對整個網(wǎng)絡風格進行設置

設置背景顏色


整體網(wǎng)絡風格
點擊 default可以選擇合適的風格，一般我會用 BioPAX


2、如設置Node的顏色
Style —>Node(一般默認)—>Fill Color


備注：Column：選擇要涂上顏色的對象可以是單個、幾個或者一簇，多簇；Mapping Type: 主要有三種類型，Continuous、Discrete 和 Passthrough ,
如選擇Continuous類型（因為這里只有兩簇，所以min=1,max=2）

3、如設置Node的形狀
Style —>Node(一般默認)—>Shape


4、Style —>Edge—>對邊的風格進行設置（一般不需要）

注意：如果需要對整體網(wǎng)絡風格進行設置的話，建議先進行整體網(wǎng)絡風格的設置，因為設置完這個網(wǎng)絡風格之后，之前選擇的對Node/Edge的設置都會消失，這樣的話會很憂傷。

5、Style —>自由發(fā)揮設置你喜歡的網(wǎng)絡風格。

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