崇禎十三年（1640）春天，黃道周在漳浦北山守墓。每天，挑著畚箕培土除草，整理墓地，或者讀書寫字，著書立說，多數(shù)時(shí)間閉門謝客。此時(shí)，薛國(guó)觀任首輔，執(zhí)掌朝政，楊嗣昌掌握兵權(quán)，操縱行事。黃道周反對(duì)他們當(dāng)政，認(rèn)為崇禎皇帝用非其人，心中憂慮重重。
一天，一位奇怪的老和尚來見黃道周，端詳良久說：“先生憂慮過重，體內(nèi)火氣長(zhǎng)期聚集，看你的臉色，好像朝廷有不利于先生的事情即將發(fā)生。”黃道周暗暗稱奇，和尚為何這樣說呢？便和藹請(qǐng)教，和尚雙手合掌，連聲說：“災(zāi)禍難于預(yù)料??！”說完低頭念阿彌陀佛，離開了。果然，不久后，朝廷下令逮捕解學(xué)龍和黃道周。錦衣尉在南昌逮捕了解學(xué)龍，命令黃道周自行到南昌接受逮捕，不得延誤。
原來在崇禎十二年（1639）冬天，江西巡撫解學(xué)龍升任南京兵部右侍郎，將要離職時(shí)，按照慣例考察舉薦屬下官員。解學(xué)龍上疏推薦了黃道周，說他德行高尚，可以和孔孟相比。大學(xué)士魏照乘上疏對(duì)崇禎說，黃道周從朝廷到地方都有人替他說好話，而且還敢于和圣人相比，有結(jié)黨營(yíng)私的嫌疑。崇禎最恨結(jié)黨，本來就認(rèn)為黃道周結(jié)黨串通，現(xiàn)在，魏照乘的彈劾，成了壓在黃道周身上的最后一根稻草，于是下旨逮捕他們。
黃道周為官清正，德行高尚，為什么崇禎皇帝認(rèn)為他結(jié)黨呢？事情起因于兩年前，崇禎宵衣旰食，國(guó)家內(nèi)憂外患。李自成、張獻(xiàn)忠農(nóng)民起義軍席卷中原大地，聲勢(shì)到了不可遏制的地步。遼東滿清騎兵虎視眈眈，不時(shí)破長(zhǎng)城而入，搶掠一番。崇禎急需人才挽救危局，好不容易發(fā)現(xiàn)了正在服喪期的楊嗣昌，奪情起用為兵部尚書，沒有想到黃道周上疏認(rèn)為奪情違反祖制，還舉例說明奪情起用的大臣都不得善終，從后來的結(jié)果看，黃道周還真不幸而言中。
崇禎十一年（1638）六月十三日，會(huì)推大臣進(jìn)入內(nèi)閣，楊嗣昌和黃道周都榜上有名。崇禎還讓他倆進(jìn)宮，各寫一篇文章。崇禎夸獎(jiǎng)黃道周書寫工整，書法漂亮。黃道周的背后有一批清正大臣的支持，此時(shí)，他躊躇滿志。幾天后，他寫了一封信給大哥黃道琛，告訴家里要低調(diào)，一定不能讓人投名帖攀親戚。然而，最終結(jié)果是楊嗣昌入閣，黃道周落選。
黃道周連上三封奏疏，一封反對(duì)楊嗣昌的施政方針，一封反對(duì)也是奪情起用的陳新甲，一封反對(duì)遼東巡撫方一藻議和。在崇禎看來，這是有意為之，是幫派之爭(zhēng)。這幫東林黨人雖然清正為官，以綱常道德為理想，卻常常吹毛求疵，無益于時(shí)局。
崇禎十一年（1638）七月初五日，崇禎在中極殿平臺(tái)召見黃道周，問他連上三封奏疏有什么個(gè)人目的？黃道周回答說，沒有個(gè)人目的，只是為了國(guó)家的綱常名教。崇禎當(dāng)然不信，為此發(fā)生了劇烈的爭(zhēng)論。事后，黃道周以“結(jié)黨串通”的罪名，被貶為江西布政司都事。
對(duì)于欲加之罪，黃道周也是也是一肚子氣，他沒有到江西赴任，以身體原因請(qǐng)假，直接回到漳浦北山。他在北山墓園左邊建“十朋軒”，供奉管仲、諸葛亮等二十六位歷史人物，在右邊建“九串閣”，供奉屈原、賈誼等三十位歷史人物，這些都是歷朝歷代公認(rèn)的先賢，以此表明如果有結(jié)黨串通之罪，那么，所結(jié)黨串通的就是這些先賢。他用另一種方式向崇禎皇帝，也向天下表明心跡，也是一種無聲的抗議。
黃道周是崇禎時(shí)代唯一敢于頂撞皇帝的大臣，對(duì)于這件事，崇禎每每記憶猶新。萬歷以來，大臣之間門戶之見日深，拉幫結(jié)派現(xiàn)象越來越嚴(yán)重，出現(xiàn)了浙黨、楚黨、齊黨。黃道周在福建聲望越來越高，搞不好會(huì)出現(xiàn)福黨，如果任其發(fā)展，后果不堪設(shè)想?，F(xiàn)在，既然魏照乘告黃道周的狀，那就先抓進(jìn)京，以此為突破口，整肅派系林立的朝政。
皇命不可違，黃道周準(zhǔn)備就道赴逮。親朋好友聞?dòng)嵄瘋f分，黃道周的學(xué)生自發(fā)籌資，一些地方官員也送來了許多財(cái)物，好讓他打通各個(gè)關(guān)節(jié)，爭(zhēng)取早日從輕結(jié)案。黃道周謝卻大家的好意，一一退回。
蔡玉卿說：“不需要用這些錢，只是累贅而已?；噬鲜ッ鳎痪靡院蠹槌季蜁?huì)自食其果，夫子一定會(huì)活著回來，各位不必?zé)缿n愁?！?/p>
黃道周還跟蔡玉卿說：“秋天谷物收成時(shí)，留下自己夠吃的就行，多余部分送給生活困難的鄰居們?！?/p>
他給在銅山老家的大哥黃道琛寫了一封信，信中說：“我在墓旁建造小屋居住，守護(hù)祖先墳?zāi)?，至今有十五年了。一土一石，一草一木，都是我親手營(yíng)建和種植。站在依依不舍的小屋面前，思緒萬千。我離開墓園而為功名利祿奔波的時(shí)間，十五年當(dāng)中僅有四年多?；貞浧鹜拢瑥男∝毟F困苦，居住沒有圍墻環(huán)繞的安寧，飲食沒有山珍海味的供奉，威嚴(yán)的父親正值盛年而去世，慈祥的母親也沒能享受好日子就離開了。多年來，我粗茶淡飯，自認(rèn)堅(jiān)守道德準(zhǔn)則，淡泊寧?kù)o，與世無爭(zhēng)。有生以來，沒有一句話一件事，對(duì)內(nèi)不可以告訴妻兒、對(duì)外不可以告訴朋友、在陰間不可以告訴鬼神、在陽(yáng)世不可以告訴天下人的?！?/p>
親友和學(xué)生紛紛趕來為黃道周送行，有的送到渡口，有的堅(jiān)持送到南昌才返回，女婿朱桓、仆人柴敬陪伴黃道周到北京。
此前，南昌有一位彭皙的老先生久聞黃道周大名，非常仰慕。臨終時(shí)囑咐兒子彭士望一定要拜黃道周為師。彭士望準(zhǔn)備拜訪黃道周的時(shí)候，恰好聽說黃道周蒙冤受難，即將到達(dá)南昌，他馬上聯(lián)絡(luò)各方人士，奔走呼吁，獲得捐款1200兩白銀，要送給黃道周作為在監(jiān)獄里的費(fèi)用。彭士望見到了黃道周，說了父親的囑托，黃道周非常感動(dòng)，收下這位未曾教過的學(xué)生，但是堅(jiān)決退回捐款。
囚車經(jīng)過揚(yáng)州，當(dāng)?shù)貛装倜麑W(xué)子來到長(zhǎng)江邊，他們想看看這位敢于頂撞皇帝的正直大臣，許多人流著眼淚為他送行。在南京國(guó)子監(jiān)讀書的太學(xué)生涂仲吉是鎮(zhèn)海衛(wèi)人，他不是黃道周的學(xué)生，但特別仰慕黃道周的為人。黃道周囚車經(jīng)過南京，他來送行，一路跟隨送到揚(yáng)州。隨后，又趕赴北京，上疏救黃道周。
囚車顛簸向北駛?cè)?，沿途景象衰敗荒涼。因?yàn)閼?zhàn)亂，許多村莊人去樓空，人們扶老攜幼，四處逃荒。潰敗的部隊(duì)疲倦地向東方退去，蠻橫的騎兵飛馳而過，塵土飛揚(yáng)。
楊嗣昌為了剿匪，額外向百姓征收“剿餉”，為了訓(xùn)練部隊(duì)，又向百姓征收“練餉”，加上以前為了應(yīng)對(duì)遼東滿洲的“遼餉”，“三餉”導(dǎo)致了許多家庭傾家蕩產(chǎn)。沉重的負(fù)擔(dān)逼得百姓沒有了活路，只好起來造反。其結(jié)果是越剿匪越多。黃道周反對(duì)楊嗣昌入閣，說到底是反對(duì)楊嗣昌的剿匪措施。崇禎皇帝也知道弊端，無奈國(guó)庫(kù)空虛，想不出更好的辦法，只好說，辛苦百姓一年半載。
七月底，錦衣尉押送黃道周到達(dá)京師。報(bào)告送上去了，圣旨還沒有下達(dá)。這時(shí)，戶部主事葉廷秀站出來發(fā)聲，他和黃道周素不相識(shí)，但是了解黃道周的學(xué)識(shí)人品。他在戶部大堂高聲說：“我們都是進(jìn)士出身的官員，現(xiàn)在，當(dāng)朝最著名的賢者蒙冤受難，我們?cè)趺茨軌蜃暡痪饶?？”可是那些官員表情冷漠，無動(dòng)于衷，葉廷秀氣得大罵。罵完到另一個(gè)部門勸說，人們還是無動(dòng)于衷，葉廷秀又高聲大罵。他逐個(gè)部門罵過去，中央六部竟然沒有一個(gè)人響應(yīng)。他憤怒之下，回家寫奏疏，準(zhǔn)備后事，決心以自身力量挽救黃道周。
八月初一日，黃道周、解學(xué)龍各杖八十，血肉模糊，慘不忍睹，送往刑部監(jiān)獄。八月初三日，葉廷秀憤然上疏要求代替黃道周受罪。
崇禎雖然年輕，但是為人多疑刻薄，動(dòng)輒處罰大臣。聽說葉廷秀敢于替黃道周說話，更加懷疑黃道周結(jié)黨，下令逮捕葉廷秀，廷杖八十。
錦衣衛(wèi)校尉來到葉廷秀家時(shí)，葉廷秀說，我在家等候諸位多時(shí)了，請(qǐng)大家看看我的家。校尉進(jìn)門一看，只見屋里右邊只有一個(gè)夜壺，左邊整齊擺放全套壽衣。葉廷秀說：“我老母親已經(jīng)去世，也沒有妻兒拖累，今天諸位來幫忙做個(gè)了斷，我不遺憾?！?/p>
黃道周、解學(xué)龍、葉廷秀三人大義凜然，讓校尉們心生惻隱，一般人廷杖六十下就魂歸西天了。但是他們?nèi)擞眯蹋灰姽靼羝鹇?，血肉一片模糊，卻奇跡般地活了下來。廷杖后，葉廷秀削籍回家。
在西庫(kù)司刑部監(jiān)獄里，黃道周傷口感染，痛不欲生，但是他拒不認(rèn)罪，嘆息說：“古人在仁義腐爛的時(shí)候，懂得自我保護(hù)身體，而我以血肉腐爛的身體維護(hù)仁義?！秉S道周在狹窄的牢房里躺了八十多天，才勉強(qiáng)能夠站立。崇禎十三年（1640）十月下旬，大哥黃道琛的兒子黃子淵到達(dá)北京，來到刑部監(jiān)獄照顧黃道周起居。
黃道周把血衣寄回家，蔡玉卿手捧血衣哭著說：“要留給子孫看，夫子生逢清明時(shí)代，卻無端在宮墻之下遭受折磨，九次審訊四次拷打，為人臣子，真是痛苦萬分啊！”
十月，徐霞客遣長(zhǎng)子徐屹到北京探監(jiān)服侍黃道周，帶來四本游記和慰問金，黃道周收下游記，退還慰問金。徐屹一直呆到十二月才離開。
十一月，涂仲吉到達(dá)北京，毅然上疏營(yíng)救黃道周。他寫道：“臣感嘆黃道周做官二十年，多半時(shí)間在守墓，親自耕作，勤讀經(jīng)書，從不間斷。親友都知道他清貧，鄉(xiāng)里都認(rèn)為他忠孝，他潔身自好，一輩子的學(xué)問和操行，只為報(bào)答君親。有幸遇到圣明皇上，就想為國(guó)效力，雖然有時(shí)候言語過激，但是心底純潔忠誠(chéng)。敬請(qǐng)皇上詳細(xì)考察黃道周，體諒他的清修苦節(jié)，赦免他的無辜之罪。希望皇上保全清忠，消除朋黨，不給小人落下口實(shí)。即便因臣狂妄而殺臣，也死而無憾?。〕荚敢庠谌~廷秀之后，坐在待罪的草席上接受皇上的懲罰?！?/p>
通政使施邦曜是黃道周的好友，深知崇禎的為人。涂仲吉上書替黃道周辯冤，奏疏需經(jīng)通政使上達(dá)。施邦曜知道此案乃皇上欽定，如把這封奏疏直接送給皇帝，不但不能救黃道周，反而對(duì)上疏人極為不利。而奏疏中的議論確實(shí)寫得非常好，正好將此奏疏封存，以流傳后世，激勵(lì)后人。于是未予封進(jìn)，卻在疏后批語：“疏不必上，論不可不存。”還捎話說，“寬以時(shí)日，等待時(shí)機(jī)。”
涂仲吉不理解施邦曜的好心，不明內(nèi)情，再次上疏，施邦曜再次批復(fù)說：“先保留奏疏，以后再說。”涂仲吉還要繼續(xù)上疏，施邦曜召見涂仲吉說：“我和石齋先生交情最深厚，你年輕，憑著熱情沖動(dòng)不行?！卑凑斩Y節(jié)，施邦曜不能議論皇帝，只好說，“你的這種過激行為會(huì)壞事，希望不要這樣做。”可是涂仲吉一心惦記老師黃道周，聽不進(jìn)勸告，以為施邦曜故意?；ㄕ?，于是，上疏彈劾施邦曜瀆職。施邦曜沒有辦法，只得三封奏疏一起上呈給皇帝。施邦曜故意置壓奏疏的做法，忠直的涂仲吉不能理解，連黃道周也不能理解，他給蔡玉卿寫信說，施邦曜不敢轉(zhuǎn)呈奏疏，真的想不到?。?/p>
崇禎一看奏疏更加懷疑黃道周結(jié)黨，龍顏大怒，下旨逮捕涂仲吉、施邦曜。涂仲吉廷杖一百，關(guān)進(jìn)北鎮(zhèn)撫司，施邦曜撤職回家。在追究同謀時(shí)，發(fā)現(xiàn)右通政馬思理同情涂仲吉，曾撥一間屋子給涂仲吉居住，下令逮捕馬思理，關(guān)進(jìn)北鎮(zhèn)撫司。同時(shí)，重新逮捕已經(jīng)撤職回家的葉廷秀，也關(guān)進(jìn)北鎮(zhèn)撫司。
黃道周一邊養(yǎng)傷一邊構(gòu)思創(chuàng)作《易象正》，結(jié)黨營(yíng)私本來就是子虛烏有的事情，對(duì)于案情的發(fā)展，他是比較自信的。所以，當(dāng)身體條件允許時(shí)，就開始創(chuàng)作《易象正》中的《歷年十二圖》和《大象十二圖》。當(dāng)時(shí)方仁植先生也關(guān)在刑部監(jiān)獄，他也是易學(xué)家，學(xué)術(shù)觀點(diǎn)相近，非常佩服黃道周。他的兒子方以智到監(jiān)獄里陪伴父親，因此認(rèn)識(shí)了黃道周，父子倆向黃道周學(xué)習(xí)了《易象正》的許多知識(shí)。后來，方以智成了清初易學(xué)大師，還作文回憶黃道周先生，留下了珍貴的史料。此后的一年多時(shí)間，黃道周在身邊缺少書籍資料的情況下，憑借深厚學(xué)養(yǎng)，驚人的記憶力，完成長(zhǎng)達(dá)五十萬字的《易象正》初稿。這部著作后來被譽(yù)為象數(shù)易經(jīng)研究的巔峰之作。
崇禎十三年十二月二十四日，錦衣尉突然來到刑部監(jiān)獄，要帶黃道周到北鎮(zhèn)撫司。黃道周正在畫圖，他說，等我畫完這幅圖再走。錦衣尉厲聲說，不行！還把桌上的圖紙掃落在地，一時(shí)紙片翻飛。黃道周被帶走后，方仁植先生一張一張收集起來，方以智看到這些紙片說，皆手書宋體，鐵畫森嚴(yán)。
受牽連入獄的還有：工部司務(wù)董養(yǎng)河，福建閩縣人。行人司行人陳天定，福建龍溪人。左中允黃文煥，福建永福人。中書舍人文震亨，江蘇吳縣人。兵部主事孫嘉績(jī)，浙江余姚人。前后被逮捕共有近二十人，全部關(guān)押在北鎮(zhèn)撫司。這些人因黃道周案件無端受牽連，黃道周內(nèi)心非常不安，愧疚不已。
同時(shí)，崇禎認(rèn)為刑部辦案不力，時(shí)任刑部尚書李覺斯被撤職，刑部主事吳文熾廷杖六十。兵部侍郎劉澤深升任刑部尚書。
北鎮(zhèn)撫司亦稱“北寺”“詔獄”，?就是由皇帝直接掌管的監(jiān)獄，罪犯都是由皇帝親自下詔書定罪，直接聽命于皇帝，無需經(jīng)過任何司法程序，關(guān)進(jìn)去的人很少有人活著出來。
黃道周在北鎮(zhèn)撫司經(jīng)歷了九次審問，四次拷打，手指被并排夾住，用竹簽插入，鮮血淋漓，痛徹肺腑。黃道周被指控以100兩白銀賄賂解學(xué)龍舉薦任用。指控以300兩白銀收買涂仲吉上疏相救，還派遣仆人柴敬給葉廷秀通風(fēng)報(bào)信。更重要的是和被逮捕的官員結(jié)成地方派別。所有這些，黃道周全部予以否認(rèn)，他只承認(rèn)講學(xué)結(jié)社。
為了取得口供，主審官下令對(duì)簿公堂。那天，二十多位犯人來到會(huì)審大堂，這些可都是正人君子?。∷麄兇髦_鐐手銬，步履蹣跚，踉踉蹌蹌，多數(shù)互不相識(shí)，卻因?yàn)榻Y(jié)黨營(yíng)私的罪名被逮捕拷打。葉廷秀低頭作揖問道：“哪一位是黃道周老先生呢？”黃道周退一步，認(rèn)真端詳著說：“??！你就是葉老先生呀！”葉廷秀再次作揖說：“在這里終于認(rèn)識(shí)先生了！”大家又悲又喜，感慨嘆息，一起匍匐在地聆聽主審官的質(zhì)問。
涂仲吉對(duì)主審官慷慨激昂說：“我孤身一人萬里迢迢來到京師，只帶著一顆忠心，哪里會(huì)受別人指使。如果一定要追究所作所為的指使者，那么請(qǐng)剖開我胸膛，把我的心肝拿去給皇上看看。”這話傳到皇帝那里，崇禎也頗為感動(dòng)，但是不想馬上釋放黃道周。
崇禎十四年（1641）五月十六日，黃道周給蔡玉卿寫了一封信，信中說：“自從去年冬天到北鎮(zhèn)撫司，現(xiàn)在又過了六個(gè)月了，備受折磨，吃了許多苦，想念家鄉(xiāng)和墓園，遙遠(yuǎn)如在天上。仰賴天地祖宗的圣靈，七尺身軀尚能保存，日常生活沒有問題，子淵和（仆人）柴敬兩人早晚伺候，勉強(qiáng)聊天閑談，以此等待解開法網(wǎng)。（女婿）子長(zhǎng)已經(jīng)回去，可能已經(jīng)到家了。子中、子成、子和三個(gè)兒子，由大哥看管，只要讀書懂道理，不違背忠孝大義就滿足了。悠悠世道，仰頭詢問蒼天。”
在詔獄里，黃道周大難不死。五月二十日，黃道周再次轉(zhuǎn)到西庫(kù)司刑部監(jiān)獄，進(jìn)入正常的司法訴訟過程。那時(shí)，昆山秀才朱永明仰慕黃道周，帶著一百銅錢也來到北京。黃道周轉(zhuǎn)到刑部監(jiān)獄后，他自愿入獄，在床前向黃道周行跪拜禮，請(qǐng)求留下伺候。
監(jiān)獄管理腐敗黑暗，犯人必須向獄卒送錢，才不會(huì)受到虐待。當(dāng)初，親朋好友曾經(jīng)集資捐款，都被黃道周婉言謝絕，現(xiàn)在卻沒有錢給獄卒。獄卒說，先生是書法家，你的字可以賣錢，你寫字送給我們就可以了。黃道周答應(yīng)了，他想，我一輩子堅(jiān)持仁義道德，百善孝為先，我出則為官，入則守墓，目的就是為了向世人樹立孝的榜樣。于是，黃道周抄寫《孝經(jīng)》送給獄卒，抄了一本又一本，總共抄寫了一百二十本，希望能夠感化他們。
人們喜歡黃道周書法，他抄寫的《孝經(jīng)》有一些在大臣中傳閱，崇禎皇帝在宮里也經(jīng)?？吹近S道周抄寫的《孝經(jīng)》，他翻閱之后說黃道周沽名釣譽(yù)。
在刑部監(jiān)獄里，有一段時(shí)間黃道周和葉廷秀、董養(yǎng)河關(guān)在一起，他們?nèi)艘髟?shī)唱和，表明心跡。每韻由葉廷秀首唱，董養(yǎng)河、黃道周相繼應(yīng)和，共得三十韻九十首，結(jié)集《西曹秋思》，后來刊刻出版。
黃道周還寫信給大兒子黃子中，信中說，“你今年已經(jīng)十歲，有能力閱讀古人的書籍，應(yīng)當(dāng)明白一些道理，比如人的正邪判斷，事物的是非標(biāo)準(zhǔn)。不懂的都要向老師詢問，掌握大概要義。至于伺候雙親應(yīng)當(dāng)盡孝、伺候君王應(yīng)當(dāng)忠誠(chéng)、伺候長(zhǎng)輩應(yīng)當(dāng)和順、和朋友相處應(yīng)當(dāng)講信用、待人接物應(yīng)當(dāng)尊敬禮貌，這些都是不需要督促而應(yīng)該知道的。子成、子和還小，要時(shí)時(shí)刻刻愛護(hù)和教育他們。一定要尊敬老師，不可以有一絲一毫的怠慢，言行舉止和日常生活都必須以禮相待，不可有片刻魯莽。聽見別人小孩言語粗俗下流，就應(yīng)該義正嚴(yán)辭糾正，見到長(zhǎng)輩要肅然起敬，遇到官員下來視察，要穿青袍，見面時(shí)要下跪。
每時(shí)每刻惦念你父親的艱難孤苦，按時(shí)到北山墓園清理打掃，去見大伯父時(shí)一定要呈上所讀的經(jīng)書，不可有一絲一毫的冒犯。使喚家僮仆人不可以出聲罵人，他們也是人子，也有自尊心，道理都是一樣的。我的身體聽命于皇上，你不必?zé)莱羁?，你讀書只要能夠以圣賢為師，我的心愿就滿足了。明年春天看看能否回家，你千萬不能放棄學(xué)業(yè)。”
黃道周寫信回家，每信必叮嚀墓園要整理好，一定詢問兒子們的學(xué)習(xí)情況，比如在一封信里說：“子中、子成誦讀《四書》，復(fù)習(xí)《詩(shī)經(jīng)》《尚書》兩部經(jīng)典，再誦讀《禮記》《易經(jīng)》等篇幅長(zhǎng)的著作，都要講解大概意思，看一些筆記文章和歷史故事，以及學(xué)習(xí)文字訓(xùn)詁知識(shí)，千萬不要停止學(xué)習(xí)?！?/p>
時(shí)任首輔薛國(guó)觀與楊嗣昌是一伙的，崇禎十四年四月，楊嗣昌在前線病死，許多大臣上疏彈劾楊嗣昌誤國(guó)，也彈劾薛國(guó)觀受賄，崇禎皇帝很生氣。薛國(guó)觀上《辯臟疏》自我辯護(hù)，連帶說黃道周被逮捕入京時(shí)，利用聲望收取了大量禮金，還說黃道周在福建和浙江講學(xué)是結(jié)黨。因?yàn)檫@樣，使得案情轉(zhuǎn)向復(fù)雜。一時(shí)間，一些不懷好意的人夸大其詞說，黃道周聲望崇隆，在福建有許多追隨者，一個(gè)叫做“福黨”的政治派別正在形成。
然而，在刑部過堂審理時(shí)，這些都查無實(shí)據(jù)，不了了之。反而是薛國(guó)觀受賄坐實(shí)，崇禎大怒，于八月初五日下詔薛國(guó)觀自盡，這是從嘉靖朝夏言以來，第二個(gè)被處死的首輔。
繼任首輔范復(fù)粹，依法進(jìn)行大赦，釋放了許多人，黃道周卻不在大赦之內(nèi)。原因是黃道周一案是崇禎皇帝欽定，沒有皇帝批準(zhǔn)，誰也不敢作主。
黃道周知道被捕的根本原因是反對(duì)崇禎皇帝任用楊嗣昌，為此寫了《獄中自明揭》，全面敘述自己的主張，假如不幸死去，此文可以作為伸冤證明。他認(rèn)為楊嗣昌加征賦稅，增加百姓負(fù)擔(dān)無異于飲鴆止渴。流寇沒有信用，一定不可以議和，韃虜不講仁義，一定遺禍中原。認(rèn)為必須選拔良臣干將，簡(jiǎn)化行政管理，肅清貪官污吏，發(fā)動(dòng)群眾，寓兵于民，只要這樣做，就能夠肅清流寇，打敗韃虜，天下太平的局面就會(huì)到來。
崇禎認(rèn)為這些措施無法馬上顯現(xiàn)效果，必須長(zhǎng)期執(zhí)行才行，現(xiàn)在需要的是馬上扭轉(zhuǎn)局勢(shì)的人才，認(rèn)為黃道周的想法雖好，但是沒有可操作性。一天，崇禎和太監(jiān)王坤在中極殿閑聊，崇禎問王坤說：“外面的人們都敬重黃道周，究竟是什么原因？”王坤回答：“他這個(gè)人讀書多，操行也好，所以人們敬重他。”崇禎說：“書是讀得很多，但是很不懂事。這個(gè)人非常固執(zhí)，所說的腐儒，就是他這樣的人。”
崇禎不拘一格起用能人楊嗣昌，最終身敗名裂。幾任首輔如張至發(fā)、薛國(guó)觀、范復(fù)粹不是無能，便是貪婪之輩。此時(shí)，前首輔周延儒罷官居家，與東林黨人走得很近。復(fù)社領(lǐng)袖張溥是黃道周好友，極力運(yùn)作周延儒復(fù)職，并希望他營(yíng)救黃道周。崇禎十四年九月，周延儒再次出任首輔，起用了一大批東林黨人，如鄭三俊任吏部尚書、劉宗周任左都御史、范景文任工部尚書、倪元璐任兵部右侍郎。這些人為黃道周出獄提供了客觀支持。禮部右侍郎蔣德璟、少詹事黃景昉更是奔走呼救。崇禎在一次召見劉宗周時(shí)說，黃道周是有學(xué)問有操守的大臣。
崇禎在如何處罰黃道周的問題上猶豫不決，刑部尚書劉澤深上疏說：“事情再發(fā)展下去，黃道周只有被處死了。生死是大事，臣不敢不慎重。自古以來處死的，都是因?yàn)榉饨蟪紱]有盡到守衛(wèi)的責(zé)任，或者罪惡深重的貪官污吏，從來沒有因?yàn)樘嵋庖姳惶幩赖?。黃道周不是封疆大臣，也不是貪官污吏，處死他反而成就了他的名聲。況且，皇上所懷疑的是結(jié)黨，結(jié)黨就有派系，有相聚，黃道周都沒有這種現(xiàn)象。沒有結(jié)黨怎么能動(dòng)用朝廷大法呢？黃道周提建議有人附和是正?，F(xiàn)象，已經(jīng)有處分了，皇上已經(jīng)下旨轉(zhuǎn)入刑部監(jiān)獄進(jìn)入司法程序，建議判決他流放湖南辰陽(yáng)。”崇禎最終同意刑部的意見。
明朝法律規(guī)定，充軍流放允許繳納贖金。年初親家魏呈潤(rùn)復(fù)官起用來京，帶來了親友饋贈(zèng)的錢物，兌換后有1000兩白銀。本來可以用這筆款繳納贖金，可是黃道周堅(jiān)持退還親友。他寧愿流放，也不愿用親友的錢繳納贖金。黃道周寫信對(duì)夫人蔡玉卿說：“充軍流放都允許繳納贖金，然而我一輩子讀書，清正廉潔，更沒有用千兩白銀繳納贖金的道理?！?/p>
崇禎十四年十二月十九日，黃道周出獄赴戍。解學(xué)龍、葉廷秀、施邦曜、馬思理等人也分別結(jié)案，有的被削籍為民，有的流放。
崇禎十五年（1642）二月，黃道周出京，踏上前景渺茫的流放旅程。四月十五日到達(dá)杭州，浙江的弟子從各地趕來和老師相聚。黃道周非常高興，只要和學(xué)生在一起，就是最開心的時(shí)候，他介紹了《易象正》的創(chuàng)作過程，說等修改完畢，準(zhǔn)備在杭州出版。四月二十五日，黃道周和學(xué)生們來到一手創(chuàng)建的大滌書院，開始了第三次大滌講學(xué)，這次講學(xué)持續(xù)到五月下旬。參加弟子有：陳子龍、陸自巖、何瑞圖、張履祥、陳之麟、曹振龍、朱朝瑛等48人。
在黃道周五次大滌書院講學(xué)中，這次時(shí)間最長(zhǎng)，參加人數(shù)最多，講學(xué)內(nèi)容最為廣泛。黃道周分幾個(gè)主題講學(xué)，其一是《三易》，分析比較三易產(chǎn)生和發(fā)展。其二是儒學(xué)，著重談?wù)撝祆渑c陸九淵的爭(zhēng)論以及如何格物致知。其三，談?wù)摗对?shī)經(jīng)》與音律的問題。這些講學(xué)內(nèi)容后來結(jié)集《大滌問業(yè)》。
大滌書院就在洞霄宮旁邊，洞霄宮里，幾百年來供奉朱熹、李綱神位，講學(xué)之余，黃道周經(jīng)常來到這里祭拜二位先賢。又游覽了歸云洞，此處峻峭秀美，別有洞天，所到之處泉水潺潺，懋竹森森。黃道周感嘆說：“不知道五百年以后，有誰還想起這座大滌名山，就像我想起朱熹、李綱一樣?！?/p>
五月下旬，黃道周離開大滌書院，經(jīng)杭州、南京赴戍。六月到達(dá)江西九江西林寺，瘧疾發(fā)作，臥病不起。黃道周住在西林寺，一邊養(yǎng)病，一邊修改《易象正》，完成定稿后，把它托付給學(xué)生陳之麟。陳之麟字彥升，浙江海寧人，崇禎十年（1637）榜眼，任翰林院編修，黃道周是那年會(huì)考的分考官。此后，陳之麟一直追隨黃道周，他把《易象正》帶到杭州，于崇禎十六年（1643）刊刻出版。
八月，在北京，崇禎皇帝召見蔣德璟、周延儒、黃景昉、陳演等大臣談?wù)摼謩?shì)。諸位大臣趁機(jī)勸說崇禎赦免黃道周。二十五日，崇禎降諭吏兵二部，黃道周以“清操力學(xué)”免戍還職。
十月份，黃道周接到圣旨，赫然寫道：“永遠(yuǎn)戍邊的黃道周，罪有應(yīng)得。但是他操守清白，學(xué)問卓越，已經(jīng)受到懲罰和創(chuàng)傷，應(yīng)當(dāng)改過自新。特別準(zhǔn)許赦免，召還復(fù)職。以此彰顯朕獎(jiǎng)勵(lì)清廉、崇尚學(xué)問、寬宥過錯(cuò)、愛惜人才的誠(chéng)意。特諭?！?/p>
黃道周按照禮儀設(shè)立香案，匍匐在地叩頭謝恩。崇禎喜怒無常，恢復(fù)黃道周“經(jīng)筵日講官、詹事府少詹事協(xié)理府事兼翰林院侍讀學(xué)士”的職位。黃道周恍然如夢(mèng)，對(duì)崇禎深深失望，以老弱病殘為由，向朝廷請(qǐng)求退休，寫了一封《免戍辭朝疏》，疏中寫道：
“臣少年孤苦貧寒，長(zhǎng)大只會(huì)寫字抄書，只懂得堅(jiān)守為臣之道。現(xiàn)在臣垂垂衰老，將近六十歲了，體弱多病，只剩下一口氣，而且臣還沒有完全改正以前的錯(cuò)誤，希望回到石養(yǎng)山墓園，唱著擊壤歌聊以度日。
臣生逢盛世，遇到圣明君主，脫離法網(wǎng)。祝愿陛下持身恭敬，龍?bào)w健康，矢志不渝培養(yǎng)正氣，選擇廉潔干練大臣治理國(guó)家，防御韃虜，掃除流寇，使宗廟社稷早日平安，臣即使在朝夕之間死去，也會(huì)和在九泉之下的父母報(bào)答皇恩無窮無盡?！?/p>
黃道周一行返回留都南京，得知崇禎還沒有赦免解學(xué)龍、葉廷秀，立即上《乞赦解學(xué)龍葉廷秀疏》，疏中說：“臣剛剛離開了禁錮之地，不敢馬上有所呼吁，但是葉廷秀病情嚴(yán)重，謝學(xué)龍垂暮衰老，都在計(jì)日當(dāng)歲，度日如年?。”菹录热挥锰貏e恩旨赦免臣，再次乞求陛下恩旨赦免諸位因臣而受牽連的人?！弊嗍璩噬?，崇禎下旨赦免諸位大臣。
黃道周來到鐘山孝陵，拜謁太祖高皇帝，他跪倒在地，老淚縱橫。一面發(fā)誓再也不入朝為官，從此終老山林。一面哭訴說，是朝廷舍去臣，不是臣舍去朝廷。他向北方拜了拜，整理好行裝，起程回到漳浦北山墓園。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?2020年12月2日
