1.非root環(huán)境下linux中perl的安裝（最重要的步驟）
（1）在官方網(wǎng)站下載新版本的源碼包：http://www.perl.org/get.html，版本自己選擇
（2）解壓
# tar zxvf perl-5.18.0.tar.gz
（3）進(jìn)入解壓目錄
（4) 編譯
./Configure –help的提示如下:
./Configure -des -Dprefix=/home/XXX/software/perl-5.18.0
make //這個(gè)過(guò)程會(huì)比較久，因?yàn)樵创a文件有那么大。
make install
等待這個(gè)命令完成后，基本安裝就完成了。
(5) 更改路徑
vim ~/.bashrc
在里面添加：
export PATH=/home/XXX/software/perl-5.18.0/bin:$PATH
保存，更新路徑：
source ~/.bashrc
這樣就能保證你安裝不需要root權(quán)限，在以后安裝模塊時(shí)，也不需要root權(quán)限了。
那么怎么在無(wú)root的情況下安裝模塊了？
方法一：安裝上面的方法安裝perl之后，安裝模塊用cpan也不需要root權(quán)限了：
perl -MCPAN -e shell
方法二：手動(dòng)安裝模塊：
進(jìn)入模塊所在路徑，就是你的模塊安裝到哪里，你就cd進(jìn)去，然后執(zhí)行下面的命令…
perl Makefile.PL PREFIX=/home/zilhua/software/perl-5.18.0/lib
make;
make test;
make install
注意PREFI的格式，必須要寫(xiě)成這幾個(gè)字，前面不能加-或者–，不能小寫(xiě)
2. 設(shè)置環(huán)境變量，使當(dāng)前系統(tǒng)的perl程序能夠自動(dòng)找到安裝的模塊
vim ~/.bashprofile 添加
export PATH=/home/zilhua/software/perl-5.18.0/lib
保存并關(guān)閉.bash_profile文件
按照上面的方法更新路徑
注意：一般手動(dòng)安裝的模塊最后還需要自己重新改一下名字的。
方法3：使用模塊 local::lib（不推薦）
先手動(dòng)安裝這個(gè)模塊，然后再用這個(gè)模塊安裝其他模塊。
http://search.cpan.org/~haarg/local-lib-2.000004/lib/local/lib.pm
以下是詳細(xì)步驟：
tar -xzf local-lib-2.000004.tar.gz
cd local-lib-2.000004.tar.gz
下一步，將local::lib加入至bootstrap當(dāng)中去。這一步會(huì)在用戶(hù)HOME目錄下新建一個(gè)perl5的目錄，并且指定它為將來(lái)安裝perl模塊的目錄。
perl Makefile.PL –bootstrap
而后安裝local::lib
make
make test
make install
而后試運(yùn)行一下perl
perl -MCPAN -e shell
一路選擇默認(rèn)值，然后退出。這一步，perl會(huì)將本地的模塊搜索目錄放入至.bashrc文件尾部。
安裝其它perl模塊
這個(gè)時(shí)候我們就可以進(jìn)行非root權(quán)限的perl模塊安裝了。我們首先需要從先前的terminal窗口中退出來(lái)，重開(kāi)一個(gè)terminal窗口，這樣就會(huì)過(guò)一遍.bashrc文件。試著安裝一個(gè)模塊，
perl -MCPAN -eshell
nolock_cpan[1]> install File::ReadBackwards
一切OK。
為cluster擴(kuò)展library path
可以簡(jiǎn)單的在qsub文件中運(yùn)行perl之前加入PERL5LIB的搜索路徑
echo $PERL5LIB
然后將傳回的值寫(xiě)入qsub當(dāng)中去
PERL5LIB=/home/path/lib:/usr/another/path/lib; export PERL5LIB
也可在執(zhí)行命令中加入-I參數(shù)
perl -I /home/path/lib -I /usr/another/lib script.pl
或者在pl文件頭里加入lib的路徑
!/usr/bin/perl
use lib “/home/path/lib”;
use lib “/usr/another/lib”;
use MyCustomModule;
參考文獻(xiàn)：https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/78790674
2.perl中所需模塊的安裝
3.對(duì)于Remap的安裝使用
參考鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/tools/remap/docs/api
