?????? 目前,主流的RNA提取方法有Trizol法、離心柱法和磁珠法。其中,Trizol法與離心柱法相比,提取效果相當(dāng),但因其對操作者帶來的毒性,現(xiàn)在越來越被棄用。磁珠法可以針對大批量樣本處理,適合機器自動化提取,但是提取核酸純度低,提取得率低,且使用成本較高。對于拭子RNA含量較低的樣本或比較珍貴的樣本或樣本總數(shù)不是很多的實驗室,首選的拭子RNA提取方法應(yīng)是離心柱法。
?????? 近來,隨著基因診斷技術(shù)的發(fā)展,從口腔拭子、泌尿生殖道拭子、痰液等樣本中進行RNA提取的試劑盒的應(yīng)用價值越來越大,如腫瘤早期診斷、遺傳病檢測和病原體感染核酸檢測等。拭子RNA提取效果在很大程度上取決于采樣質(zhì)量、試劑盒性能等,特別是試劑盒的性能大大影響了拭子核酸的基因檢測和各種研究的開展。

?????? 一般來說,科研用戶的樣本量不太多,首要的還是提高核酸純度和提取效率,因而科研用戶主要選擇離心柱法。大型醫(yī)療機構(gòu)樣本量較多,會傾向于選擇自動化的磁珠法。但一些樣本量不太多的臨床醫(yī)院或檢測機構(gòu),出于方便和準(zhǔn)確診斷的要求,還是會選擇離心柱法。出于使用成本的考慮(自動化磁珠配套試劑盒的價格一般是離心柱法的1.5-2.5倍),有些規(guī)模較大的醫(yī)院,也更愿意選擇離心柱法。特別地,對一些低豐度樣本的檢測,最好不要用磁珠法,而是選擇離心柱法,否則可能會導(dǎo)致假陰性結(jié)果。
?????? 目前國內(nèi)常用的離心柱法拭子RNA提取試劑盒有國際品牌Q、國內(nèi)品牌Biog、國內(nèi)品牌T等。面對各種品牌的離心柱法提取試劑盒,如何選擇適合自己實驗的提取試劑呢?我們就這些拭子RNA提取試劑盒進行比較。
一、應(yīng)有較高的提取得率。對離心柱法而言,拭子核酸得率的高低,主要取決于離心柱對核酸的吸附能力、洗脫能力以及裂解液的裂解消化能力。離心柱的硅膠膜RNA吸附性能好、裂解液細(xì)胞裂解能力強、洗脫液洗脫能力好,核酸的提取得率就高。反之,如果離心柱硅膠膜吸附能力不好,裂解液和洗脫液沒有經(jīng)過很好的優(yōu)化,RNA的提取得率就不高。至于RNA提取得率的確定,我們可以使用紫外分光光度法,但是不能作為判斷得率的唯一標(biāo)準(zhǔn),最好還是要做個PCR或熒光定量。拭子樣本的量與提取的核酸量成正比,如果要提高核酸得率,也可通過增加樣本量來實現(xiàn)。一般先取一根拭子的涮洗液樣本,然后進行提取,如結(jié)果不理想可考慮增加樣本量或重新采樣。但如果增加樣本量或重新采樣還不能得到滿意結(jié)果,應(yīng)及時考慮更換試劑盒。目前國內(nèi)常用的拭子核酸提取試劑有Q、Biog等。根據(jù)我們的經(jīng)驗,Q和T品牌試劑盒的拭子RNA提取得率(一根口腔拭子在口咽部來回刮擦10次)在0.5-3.5ug。同樣處理的口咽拭子,Biog試劑盒的提取得率在1-4ug,基本上都能滿足下游PCR相關(guān)實驗的要求。
?二、提取的核酸純度要高。一般通過測定OD260/OD280比值來估計核酸純度。一般RNA 溶液OD260/OD280比值應(yīng)在1.8--2.0之間,如果提取的RNA溶液OD260/OD280比值小于1.8,通常說明有蛋白質(zhì)或酚、多糖等的污染。如果提取的RNA溶液OD260/OD280>2.0,則表明RNA有降解。不同品牌的試劑盒提取的RNA純度略有差別,Biog的核酸提取純度比Q略低,可以直接應(yīng)用于核酸檢測以及分子雜交等各種常規(guī)分子生物學(xué)實驗。Q的純度略高,除了以上應(yīng)用,還可用于對純度要求略高的實驗。但是一般來講,目前的拭子RNA提取主要應(yīng)用于基因與核酸檢測等,國產(chǎn)試劑盒Biog都能滿足要求。
?三、操作簡便性。操作簡便性也是拭子RNA提取試劑選擇的一個重要因素。操作過于復(fù)雜,不僅費時費力,還容易導(dǎo)致樣本間的交叉污染,也容易損失樣本。特別是用于臨床檢測或樣本量較多情況下的檢測,操作復(fù)雜如果導(dǎo)致交叉污染會引起誤診,還會影響出檢測報告的時間。因而,選用操作簡便、流暢的提取試劑盒非常重要。就我們曾經(jīng)用過的以上三種提取試劑盒來說,Q公司的拭子RNA提取試劑盒提取過程大約25min,從樣本處理開始需要10個步驟;T公司拭子RNA提取試劑盒整個提取過程需要1個多小時,從樣本開始處理10個步驟;B公司的Biog拭子RNA提取試劑盒提取過程大約20min,從樣本開始處理7個步驟,B公司的拭子RNA提取試劑盒在操作簡便性上具有一定優(yōu)勢,更適合于較多樣本的檢測。據(jù)了解,該產(chǎn)品已通過藥監(jiān)局備案,也更適合臨床樣本的檢測。
?四、產(chǎn)品價格。價格也是選購產(chǎn)品的重要考量因素。對于絕大多數(shù)實驗如Northern雜交、RT-PCR、Real Time RT-PCR、cDNA文庫構(gòu)建等,國產(chǎn)試劑盒都能滿足質(zhì)量要求。與國外知名品牌相比,國產(chǎn)試劑盒的價格較為便宜,如Biog,價格還不到國外品牌價格的30%,性價比較高。因而,對于以上實驗建議選用Biog等國產(chǎn)試劑盒。一些經(jīng)費不是很多的課題研究或樣本量較大的臨床檢測項目,特別適合選用國產(chǎn)試劑盒。
五、綜合以上,與國外知名品牌相比,國產(chǎn)試劑盒在拭子RNA提取純度上略有不足,但不影響大多數(shù)實驗,特別是下游需要PCR擴增的實驗和分子雜交類實驗。在提取得率上,國內(nèi)試劑盒與國外品牌差別不大,而在價格方面,國產(chǎn)試劑盒具有比較明顯的優(yōu)勢。如果經(jīng)費充足,RNA純度要求特別高,可考慮選擇Q等國外知名品牌。如果經(jīng)費不多或下游主要做PCR或分子雜交等實驗,可考慮選擇性價比較高的Biog等國產(chǎn)品牌。