對于大多數的數據庫而言，API接口可以方便的從數據庫中檢索數據。kegg 數據庫的API 鏈接如下：

http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html

API 其實就是一種約定號的URL 規(guī)則，通過特定的URL 返回不同的數據。kegg 的 API 的URL 構成如下：

http://rest.kegg.jp/operation/argument[/argument2[/argument3 …]]

前綴都是 http://rest.kegg.jp, 接下來就是對應的操作，kegg 一共提供了以下7種操作：

1. info

2. list

3. find

4. get

5. conv

6. link

7. ddi

接下來詳細看下每種操作的用法

info

主要用于展示每個數據庫共有多少條記錄的統(tǒng)計信息和于該數據相關的其他數據庫，url 格式如下：

http://rest.kegg.jp/info/database
database = kegg | pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag | ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network |
variant | disease | drug | dgroup | environ

示例 : 查看pathway 數據庫的基本信息

http://rest.kegg.jp/info/pathway

pathway KEGG Pathway Database
path Release 85.0+/03-11, Mar 18
Kanehisa Laboratories
570,005 entries
linked db module
ko
genome
<org>
compound
glycan
reaction
rclass
enzyme
network
disease
drug
pubmed

list

列出數據庫中所有的記錄，或者列出指定條目的記錄
對于list 操作，共有3種不同的URL 格式

第一種，查看數據庫中所有的記錄

http://rest.kegg.jp/list/database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | organism | medicus

示例：查看所有ko的信息

http://rest.kegg.jp/list/ko

ko:K00001    E1.1.1.1, adh; alcohol dehydrogenase [EC:1.1.1.1]
ko:K00002    AKR1A1, adh; alcohol dehydrogenase (NADP+) [EC:1.1.1.2]
ko:K00003    E1.1.1.3; homoserine dehydrogenase [EC:1.1.1.3]

第二種，只針對pathway和 module 數據庫 ,查看特定物種的信息，格式如下

http://rest.kegg.jp/list/database/org
database = pathway | module

示例：查看human對應的所有pathway 信息

http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa

path:hsa00010    Glycolysis / Gluconeogenesis - Homo sapiens (human)
path:hsa00020    Citrate cycle (TCA cycle) - Homo sapiens (human)
path:hsa00030    Pentose phosphate pathway - Homo sapiens (human)

第三種，查看數據庫中的某幾條記錄，使用數據庫中的標識符進行查找，多個標識符用+ 鏈接，最多1個URL 中允許查找10個

http://rest.kegg.jp/list/dbentries
dbentries = Entries of the following database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

示例：查看pathway 中 map00010 和 map00040 的信息

http://rest.kegg.jp/list/map00010+map00040

path:map00010 Glycolysis / Gluconeogenesis
path:map00040 Pentose and glucuronate interconversions

find

find 用于在數據庫中根據關鍵詞進行查找, 格式如下

http://rest.kegg.jp/find/database/query
database = pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag |
ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

示例：根據關鍵詞 shiga和toxin 查找相關的基因

http://rest.kegg.jp/find/genes/shiga+toxin

ece:Z1464    stx2A; shiga-like toxin II A subunit encoded by bacteriophage BP-933W
ece:Z1465    stx2B; shiga-like toxin II B subunit encoded by bacteriophage BP-933W
ece:Z3343    stx1B; shiga-like toxin 1 subunit B encoded within prophage CP-933V

關于后面4種操作的用法，我們下一篇進行介紹，今天就到此為止。