bcftools call snp

之前call snp 都是用samtool mpileup 以及bcftools view進行，但是版本更新忒快，故現(xiàn)在可直接使用bcftools mpileup 以及 bcftools call進行

基本用法

bcftools mpileup -Ou R1.sorted.bam -f ref.fa | bcftools call -mv -o raw.vcf

## 參數(shù)
-f: 指定參考基因組
-b: bam list的文件，樣本較多時可以使用
-C: --adjust-MQ 矯正的MQ值，推介50
-q: --mim-MQ  MQ質量值
-Q: --min-BQ  base質量值
-r: --regions call 特定染色體或者區(qū)域的變異；如chr1; chr1:100-20000
-R: --regionbs-file 當有多個區(qū)域，寫如一個文件；tab分割： chi  start. end
-a: --annoteta 在INFO中添加DP4，AD等信息
-O: --output-type  有b, u,z,v
## call 參數(shù)
-s, --samples : 列出需要call的樣本，默認全部
-S, --samples-file 支隊文件中列出的樣本進行call
-c : 對應consensus-caller算法
-m 對應multiallelic-caller算法，后者更適合多種allel和罕見變異的calling。
-v: 只輸出變異

同樣也可以給vcf文件構建索引

bgzip a.vcf
## 索引
bcftools index a.vcf.gz

也可以將多個vcf進行合并

## merge 必須有索引
bcftools merge a.vcf.gz b.vcf.gz > a_b.merge.vcf

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