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1. linux 學(xué)習(xí):?http://wiki.jikexueyuan.com/project/learn-linux-step-by-step/

2.python:https://www.liaoxuefeng.com/wiki/0014316089557264a6b348958f449949df42a6d3a2e542c000 ??

3. 學(xué)習(xí):就看頂級(jí)期刊: CNS

4.課本:兩本基礎(chǔ)的基因數(shù)據(jù)處理書(shū)籍,都是基于Python語(yǔ)言的:OReilly《Bioinformatics Data Skills- Reproducible.and.Robust.Research.with.Open.Source.Tools》主要偏重工具的使用和數(shù)據(jù)文件的處理;《Bioinformatics with Python Cookbook》側(cè)重于一些主題性質(zhì)的內(nèi)容,比如群體遺傳學(xué),基因大數(shù)據(jù)這一類(lèi)。

5.涉及的數(shù)學(xué)知識(shí),具體是統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí):假設(shè)檢驗(yàn),貝葉斯推斷、隨機(jī)森林,SVM,回歸分析,PCA等

6.組學(xué)算法:很多優(yōu)秀的算法和程序你都能夠在github上直接找到,比如,比對(duì)軟件bwa和后綴樹(shù)算法,Smith-waterman局部比對(duì)算法;基因組組裝軟件SOAPdenovo2的de Bruijn graph;變異檢測(cè)GATK、freebayse、Platypus應(yīng)用到的貝葉斯、最大似然、EM、Pair-HMM和高斯混合模型等;變異注釋工具VEP,GWAS的一系列方法等。學(xué)習(xí)它們的源碼

7. 實(shí)踐:Rosalind:http://rosalind.info/problems/locations/ ??訓(xùn)練題,這上面有著很多有意義的生物信息題目,從易到難的都有,包括RNA,DNA,蛋白。


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