gemoma是根據(jù)已知參考基因組的注釋，給未知基因組注釋的軟件，貌似網(wǎng)上僅僅有提到，卻沒有具體的用法，筆者研究了一下，寫下以下傻瓜式攻略，給大家參考
安裝很簡單，直接用conda：
conda install gemoma
但是安裝完不能直接輸入名字直接用，而是要進(jìn)入gemoma所在目錄:
cd miniconda所在目錄/pkgs/gemoma-(版本號)/share/gemoma
里面有一個(gè)pdf是詳細(xì)說明
帶轉(zhuǎn)錄組的話用法如下
./pipeline.sh <search> <target-genome> <ref-anno> <ref-genome> <threads> <out-dir> <lib-type> <mapped-reads>
說明如下：
- search is a switch for the search algorithm to be used, either tblastn or
mmseqs（一般人都用tblastn吧） - target-genome is the genome of the target organism (FastA)
- ref-anno is the annotation of the reference organism (GFF/GTF)（參考基因組的gff或gtf注釋文件）
- ref-genome is the genome of the reference organism (FastA)（參考基因組）
- threads the number of threads to be used（也就是使用的線程數(shù)，只要計(jì)算資源夠，當(dāng)然是越大越好，哈哈）
- out-dir is the output directory（結(jié)果路徑）
- lib-type is the RNA-seq library type({FR_UNSTRANDED, FR_FIRST_STRAND, FR_SECOND_STRAND}) （轉(zhuǎn)錄組文件的類型FR_UNSTRANDED就是沒方向，F(xiàn)R_FIRST_STRAND定向轉(zhuǎn)錄的正義鏈）
- mapped-reads are the mapped RNA-seq reads (SAM/BAM)（把轉(zhuǎn)錄組的read，map到自己基因組上可得，可用STAR/hisat等生成）
注意：<search>等為bash腳本要輸入的參數(shù)，參數(shù)間用空格隔開。如果沒有轉(zhuǎn)錄組的話，直接不填7和8就好
示例用法如下：
./pipeline.sh tblastn ~/data/genome.fa ~/data/ref.gff ~/data/ref.fa 30 ~/result FR_UNSTRANDED ~/data/RNA.bam
注意1： 如果沒有轉(zhuǎn)錄組的話，直接不填7和8就好
注意2： 該命令要cd到pipeline.sh所在目錄，也就是上文所說目錄運(yùn)行，或者使用絕對路徑。
注意3： 筆者運(yùn)行時(shí)出現(xiàn)java類型的錯(cuò)誤，應(yīng)該是conda默認(rèn)的java版本太低，conda deactivate后再運(yùn)行，使用系統(tǒng)自帶的高版本java就成功了。
