測序深度和測序覆蓋度，怎么估算？

? ? 在我們開始測序之前，經(jīng)常會被問道，你需要的測序深度和測序覆蓋度的概念，比如在測序線粒體的DNA時候，測序小哥就問說1個G的數(shù)據(jù)量夠了嗎？下面就給大家解釋下這兩個概念：


（圖片來源于知乎余功旺）

測序深度（depths）

? ? ? 測序深度（depths）指測序得到的總堿基數(shù)與待測基因組大小的比值，簡單的說就是測序的數(shù)據(jù)量大小比上參考基因組/轉錄組的大小，通常結果用n×來表示。

測序深度=\frac{數(shù)據(jù)量大小}{ref基因組大小}

測序覆蓋度（coverage）

? ? ? 測序覆蓋度是測序所組裝的結果占整個基因組的比例，實際上，由于我們測序的結果通常不能組裝出完整的結果，因為在基因組上有很多的重復序列，高GC的結構存在，這使得組裝結果不能覆蓋整個參考基因組，這些沒有被組裝好的區(qū)域就叫做覆蓋度。

測序覆蓋度=\frac{組裝序列長度}{ref基因組長度}

實例

（1）小明請測序公司測序DNA樣本，采用Illumina PE150的測序平臺，采用雙端測序技術，生成150 bp的reads，單端的reads數(shù)目為3,300,000，Insert size為350 bp，測序的基因組大小為760 Mb，測序的樣品DNA不考慮樣品中的線粒體DNA影響，測序深度為( )×？

測序深度=\frac{數(shù)據(jù)量大小}{ref基因組大小}=\frac{150*3,300,000*2}{760*1024*1000}

(2) 我們有時候也說，我要測序1G的數(shù)據(jù)量，那么這種情況下測序深度是( )×？

測序深度=\frac{1G*1024*1024*1000}{760*1024*1000}

備注：（1）1G=1024Mb 1Mb=1024kb 1kb=1000bp

? ? ? ? ? ?（2）如果是測昆蟲線粒體基因組大小，一般1G的數(shù)據(jù)量夠了


Reference：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/40040208

http://www.360doc.com/content/19/0123/16/52645714_810824928.shtml

https://zhuanlan.zhihu.com/p/74558512

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