Circbase （http://cirbase.org/）
這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)收集了幾千條在真核細(xì)胞表達(dá)的 circRNAs,是個(gè)公共 circRNA 數(shù)據(jù)集， 有相應(yīng) circRNA 詳細(xì)信息，還可以下載 circRNA 序列。
CIRCpedia v2? http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/）
CIRCpedia v2 是一個(gè)更新的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，包含來(lái)自 6 個(gè)不同物種的 180 多個(gè) RNA-seq 數(shù)據(jù)集共 262782 條的 circRNA 注釋。該數(shù)據(jù)庫(kù)允許用戶搜索、瀏覽和下載具有各種細(xì)胞類型/組織(包括疾病樣本)表達(dá)特征的環(huán)狀 rna。
此外，更新后的數(shù)據(jù)庫(kù)包含了人類和小鼠之間環(huán)狀 rna 的保守性分析。
3.Circular RNA Interactome (http://circinteractome.nia.nih.gov/Circular_RNA/circular rna.html)
該數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)了已知的 109 個(gè) RNA 結(jié)合蛋白數(shù)據(jù)集與 circbase 中的 circRNA 的結(jié)合位點(diǎn)，并利用 Targetscan 軟件預(yù)測(cè)了 miRNAs 與 circRNA 的潛在結(jié)合位點(diǎn)。此外， 該數(shù)據(jù)庫(kù)還可以用于設(shè)計(jì)環(huán)狀 RNA 引物， 針對(duì)環(huán)狀 RNA 的 siRNA。
circRNADb (http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php)
首個(gè)匯總編碼蛋白環(huán)狀 RNA 的數(shù)據(jù)庫(kù)， 共收錄了 32,914 個(gè)帶注釋的人類外顯子 circRNA， 是一個(gè)完整的人類環(huán)狀 RNA 分子數(shù)據(jù)庫(kù)， 每條記錄包含詳細(xì)的基因組信息、 RNA 編輯情況、 IRES 序列元件、 預(yù)測(cè)的 ORF 等信息， 可以作為大規(guī)模研究人類 circRNA 的寶貴資源。
可以根據(jù)基因名、細(xì)胞類型、pubmedID和蛋白編碼能力瀏覽：
這里展示的是有蛋白編碼證據(jù)的circRNA：
TSCD (tissue-specific circRNA database) ( http://gb.whu.edu.cn/TSCD)
此數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)系統(tǒng)分析組織特異性環(huán)狀 RNA 數(shù)據(jù)庫(kù)。包含人和小鼠 2 個(gè)物種， 16 種組織的特異性環(huán)狀RNA。
比如心臟特異性表達(dá)的circRNA：
及預(yù)測(cè)結(jié)合的miRNA：
MiOncoCirc (https://mioncocirc.github.io/)
由密歇根大學(xué)開(kāi)發(fā)的由癌癥臨床樣本匯編的環(huán)狀 rna 數(shù)據(jù)庫(kù)。在這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)里面可以查詢到某個(gè) circRNA 在不同癌癥臨床樣本的表達(dá)情況：
7.CSCD（cancer-specific circRNA database） ( http://gb.whu.edu.cn/CSCD/)
這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是由武大何春江教授發(fā)布一個(gè)全新的腫瘤特異性 circRNA 數(shù)據(jù)庫(kù)。
根據(jù)腫瘤細(xì)胞查找circRNA：
exoRBase（http://www.exoRBase.org）
這個(gè)外泌體環(huán)狀 RNA 數(shù)據(jù)庫(kù)是由復(fù)旦黃勝林教授開(kāi)發(fā)的。exoRBase 數(shù)據(jù)庫(kù)共收錄了 58330 種 circRNAs， 15501 種 lncRNAs， 18333 種 mRNAs，它們來(lái)自 92 份血清外泌體 RNA-seq 測(cè)序樣本。作者還依據(jù)GTEx project 獲得組織特異性 RNA 表達(dá)特征，分析了相關(guān) RNA分子的組織來(lái)源。
circRNADisease http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ 這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是由武大何春江教授發(fā)布一個(gè)全新的腫瘤特異性 circRNA 數(shù)據(jù)庫(kù)。
exoRBase（http://www.exoRBase.org）
這個(gè)外泌體環(huán)狀 RNA 數(shù)據(jù)庫(kù)是由復(fù)旦黃勝林教授開(kāi)發(fā)的。exoRBase 數(shù)據(jù)庫(kù)共收錄了 58330 種 circRNAs， 15501 種 lncRNAs， 18333 種 mRNAs，它們來(lái)自 92 份血清外泌體 RNA-seq 測(cè)序樣本。作者還依據(jù)GTEx project 獲得組織特異性 RNA 表達(dá)特征，分析了相關(guān) RNA分子的組織來(lái)源。
circRNADisease http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/
