安裝說明

escape是BiocManager中的一個庫包，當前版本 v1.4.0 (2021-12-29) 只有R 4.0能夠安裝， 由于平時使用的分析電腦沒有升級，還是R 3.6，所以需要先下載歷史版本在本地安裝v1.3.1版本的escape使用。
該包主要實現(xiàn)了single-sample GSEA分析級下游可視化，可用于單細胞的ssGSEA功能分析，可視化功能主要通過調(diào)用dittoSeq包實現(xiàn)。該軟件可直接接受seurat對象或sce對象。測試使用感受是下游可視化效果還是挺好的，但適合直接使用已經(jīng)篩選后的感興趣的基因集，不適合大規(guī)模基因集分析，因為大規(guī)模數(shù)據(jù)集少核運算速度會非常慢。

escape的簡單使用

參考manual

主要調(diào)用了dittoSeq和GSEABase，分析分4步：1）導入Seurat/SingleCellExperiment對象; 2）導入目標功能庫；3）跑enrichment分析；4）下游可視化；
1.支持新Seurat對象，老的Seurat對象需要UpdateSeurat函數(shù)處理后；
2.目標功能庫：GSEABase；
3.enrichScore = enrichIt(obj = obj, gene.sets = GS, groups = 250, cores=2);
4.可視化功能包括：dittoHeatmap, multi_dittoPlot, dittoScatterHex, ridgeEnrichment, splitEnrichment

dittoHeatmap結(jié)果

dittoHeatmap(obj, genes = NULL, metas = names(ES.seurat), 
             annot.by = "groups", 
             fontsize = 7, 
             cluster_cols = TRUE,
             heatmap.colors = colors(50))

參數(shù)介紹，可直接調(diào)用pheatmap的參數(shù), anno.by使用meta.data的參數(shù)

image.png

multi_dittoPlot結(jié)果

multi_dittoPlot(obj, vars = c("HALLMARK_APOPTOSIS", "HALLMARK_DNA_REPAIR", "HALLMARK_P53_PATHWAY"), 
                group.by = "groups", plots = c("jitter", "vlnplot", "boxplot"), 
                ylab = "Enrichment Scores", 
                theme = theme_classic() + theme(plot.title = element_text(size = 10)))

參數(shù)介紹，可調(diào)用ggplot2的theme修改圖片格式

image.png

dittoScatterHex結(jié)果

dittoScatterHex(obj, x.var = "HALLMARK_DNA_REPAIR", 
                    y.var = "HALLMARK_MTORC1_SIGNALING", 
                    do.contour = TRUE) + 
        scale_fill_gradientn(colors = colors(11)) 

分析目的：兩個途徑在目標細胞群的相關(guān)性分析，也可調(diào)用ggplot2的theme修改圖片格式

image.png

ridgeEnrichment結(jié)果

## Seurat object example
ES2 <- obj@meta.data
## plot
ridgeEnrichment(ES2, gene.set = "HALLMARK_DNA_REPAIR", group = "cluster", add.rug = TRUE)

基于單細胞水平特定生物功能的打分函數(shù)的分布，山丘圖

image.png

splitEnrichment結(jié)果

splitEnrichment(ES2, x.axis = "cluster", split = "groups", gene.set = "HALLMARK_DNA_REPAIR")

基于單細胞水平特定生物功能的打分函數(shù)的分布，小提琴圖

image.png