小小白一枚，整理并分享一下自己在學(xué)習(xí)R的時(shí)候一些心得與體會(huì)！如果有說(shuō)的不對(duì)的地方還請(qǐng)各位大佬指正交流~
R語(yǔ)言是生信分析中經(jīng)常會(huì)用到的數(shù)據(jù)工具之一，學(xué)好R語(yǔ)言將會(huì)為我們之后的生信分析之路打下良好的基礎(chǔ)！R語(yǔ)言的便捷及其功能的強(qiáng)大更是體現(xiàn)在各種各樣的R包上，但有時(shí)候下載R包會(huì)遇到各種各樣無(wú)法預(yù)知的問(wèn)題，今天和大家分享一下學(xué)習(xí)到的幾種下載R包的方法。
一、系統(tǒng)自帶函數(shù)? install.packages()
利用系統(tǒng)自帶的函數(shù)install.package()就可以完成很多基礎(chǔ)的R包下載，注意（）中的R包名稱要加上“”才能被正確識(shí)別。但用這種方式能獲取到的R包有限，我們需要一些進(jìn)階方法來(lái)下載R包。
二、從Bioconductor網(wǎng)站上下載R包
第二種方法是從Bioconductor官網(wǎng)上下載R包到本地，然后從本地安裝R包。
找到Bioconductor官網(wǎng)，在搜索欄中輸入想要的R包名稱（舉例“biocviews"包）
檢索到想要的R包后，一般點(diǎn)擊第一條進(jìn)去，往下翻到package archives區(qū)下載對(duì)應(yīng)的source package到本地。再回到Rstudio，右下角的窗口選擇Packages->install->此處注意如果下載的R包是zip或者是tar.gz格式，在選擇時(shí)需要調(diào)整install from至package archive file(.zip;.tar.gz)->然后Browse...選擇你剛剛下載的R包打開(kāi)就可以啦
三、BiocManager安裝R包
很多時(shí)候在安裝R包時(shí)會(huì)提示要安裝這個(gè)R包，還需要安裝balbalbala很多R包，BiocManager就可以很好地幫我們解決這個(gè)問(wèn)題，在安裝R包時(shí)，它可以自動(dòng)地安裝其所依賴的其他R包。舉例如下，注意要是一條語(yǔ)句中相同時(shí)羅列多個(gè)R包同時(shí)安裝，要把他們用c()放到一起，不然可能沒(méi)辦法正確安裝。
BiocManager::install(c( "batchelor", 'grr', 'leidenbase', 'Matrix.utils', 'pscl', 'rsample', 'RhpcBLASctl', 'spdep', 'speedglm'))
四、yulab.utils安裝R包
library(yulab.utils)
install_zip_gh("cole-trapnell-lab/leidenbase")
install_zip("D:\\Downloads\\monocle3-master.zip")
install_zip("D:/Downloads/leidenbase-master.zip")
但仍有一些R包是Bioconductor上搜索不到的，比如一些Github上的包。對(duì)于這些包我們也是可以利用相應(yīng)的函數(shù)進(jìn)行安裝的。例如yulab.utils包，安裝好之后，利用包里的函數(shù)我們可以從GitHub上，以及對(duì)下載到本地的R包進(jìn)行安裝。格式如上，install_zip_gh使用時(shí)需要科學(xué)上網(wǎng)，余下兩種只要將包下載到本地，安裝時(shí)不需要科學(xué)上網(wǎng)，如果是合租服務(wù)器的話解決了無(wú)法直接科學(xué)上網(wǎng)安裝R包的問(wèn)題。
五、devtools安裝R包
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3")
這個(gè)方法也是需要科學(xué)上網(wǎng)，使用這個(gè)函數(shù)可以安裝GitHub上的一些R包。
以上就是今天分享的全部?jī)?nèi)容啦，其實(shí)在安裝R包的時(shí)候經(jīng)常是幾種方式輪流用，套娃中娃的情況很多，以及各種報(bào)錯(cuò)的時(shí)候也很多，一種方法行不通就可以換另一種試試，多多摸索~不要?dú)怵H
