聚類熱圖是生物醫(yī)學(xué)論文中最常見的一類圖。通常，一篇研究癌癥預(yù)后、突變等類型的文章最終都會(huì)聚焦到幾個(gè)或者十幾個(gè)基因，然后利用這些基因的表達(dá)量繪制熱圖，并盡可能多地在圖中展示樣品的臨床信息，例如TNM（Tumor Node Metastasis）分期、stage、性別、年齡、riskscore等。這時(shí)，我們需要在常規(guī)熱圖的基礎(chǔ)上，根據(jù)某一變量（例如riskscore從小到大）對(duì)樣品進(jìn)行排序，然后在熱圖的頂部添加不同的顏色條，用來表示額外的分組信息，并對(duì)顏色條中的顏色塊進(jìn)行標(biāo)注說明。作為文章中的一個(gè)結(jié)論性圖片在不同維度上匯總和展示所有相關(guān)信息。
發(fā)文tips：“石韞玉而山輝，水懷珠而川媚”。故事需要主人公，文章需要聚焦點(diǎn)。聚焦到某些具體的基因、通路、marker等，而不是籠統(tǒng)地說，找到多少個(gè)差異。
圖1. 多分組臨床聚類熱圖
該圖由頂部的不同分類/組，左側(cè)的聚類樹、中間主圖的顏色塊矩陣，右側(cè)的基因名，colorbar和組說明等元素構(gòu)成。
1.打開繪圖頁面
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_multi_group_clinical_heatmap_207
圖2.可視化繪圖頁面
2，示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊右側(cè)“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)。示例數(shù)據(jù)（僅供參考）的輸入包括兩個(gè)：1）基因表達(dá)矩陣行是基因，列是樣品?；蛘咂渌仃囆问降臄?shù)據(jù)，例如，基因甲基化程度、免疫細(xì)胞占比等。
圖3.輸入數(shù)據(jù)1：表達(dá)矩陣
2）樣品分組信息
樣品對(duì)應(yīng)的分組或者數(shù)值信息。樣品順序與表達(dá)矩陣對(duì)應(yīng)。第一列是分組或者數(shù)值信息的標(biāo)志：category表示這一行對(duì)應(yīng)的是分組變量，例如TNM分期；number表示這一行對(duì)應(yīng)的是數(shù)值信息，例如riskscore。第二列是描述信息，表示這一行是什么內(nèi)容（名字請(qǐng)勿使用特殊符號(hào)詳見）。默認(rèn)分組變量繪制在一起，數(shù)值變量繪制在一起。預(yù)設(shè)了6個(gè)分組類型數(shù)據(jù)，2個(gè)數(shù)值型數(shù)據(jù)。
圖4.輸入數(shù)據(jù)2：分組信息
由于category類型的顏色塊是離散的，而數(shù)值類型的顏色是漸變的。所以需要在輸入數(shù)據(jù)2中指定類型。
注意：需要參考示例數(shù)據(jù)，在excel中將自己的數(shù)據(jù)整理成示例數(shù)據(jù)的樣式，每個(gè)cell都需要有，表達(dá)值不能為空或者NA。
3，粘貼示例數(shù)據(jù)
由于必需輸入有2個(gè)，因此需要分別拷貝后，粘貼到相應(yīng)的輸入框中。第1個(gè)輸入框粘貼表達(dá)矩陣，第2個(gè)輸入框粘貼分組信息。
圖5. 2個(gè)必需輸入輸入框
注意：不是拷貝excel文件，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒關(guān)系，只要在excel中是整齊的就行。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等。一般這個(gè)數(shù)據(jù)比較小，不提供上傳按鈕。
4，修改參數(shù)，并提交
我們?cè)O(shè)置了圖片尺寸、文字大小、顏色、聚類方法、字體等參數(shù)，基本能滿足日常繪圖使用。分類顏色選項(xiàng)中，我們提供了完全自定義的顏色，讓你實(shí)現(xiàn)色彩搭配自由。如需更高級(jí)的定制，請(qǐng)聯(lián)系我們。
圖6.顏色、字體等可調(diào)參數(shù)
5，提交出圖
粘貼好輸入數(shù)據(jù)，調(diào)整好參數(shù)（或者全部默認(rèn)）后，點(diǎn)擊提交按鈕，幾秒鐘后，會(huì)在頁面右側(cè)出現(xiàn)預(yù)覽圖。我們提供了4種圖片格式供下載，兩種矢量圖（pdf，svg）和兩種標(biāo)量圖（600 dpi tiff和300 dpi png）。
圖7.預(yù)覽與下載
熱圖說明：
1）由于熱圖參數(shù)眾多，這里僅設(shè)置了一些常用參數(shù)
2）一般列不聚類
3）由于聚類，所以行的順序會(huì)改變
4）參考ComlexHeatmap繪制
沒有預(yù)覽就沒有出圖，這時(shí)請(qǐng)參考示例數(shù)據(jù)，檢查自己輸入數(shù)據(jù)的格式。
遇到文字截?cái)啵枰薷淖煮w、調(diào)整字體大小等，請(qǐng)參考科研作圖實(shí)操：用inkscape編輯svg矢量圖
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