一、Linux軟件下載與安裝

1.下載miniconda（來(lái)自清華鏡像）

• cd biosoft 進(jìn)入目標(biāo)目錄
• wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 下載軟件

2. 安裝并激活軟件

• 安裝 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 激活 source ~/.bashrc
• 添加鏡像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

二、miniconda的使用

1. 基本操作

• 查看軟件列表conda list
• 搜索軟件 conda search fastqc
• 安裝conda install fastqc -y
• 卸載conda remove fastqc -y

2.conda環(huán)境

• 因?yàn)樘幚聿煌瑪?shù)據(jù)用到的軟件不同，且如果使用多個(gè)軟件結(jié)合可能對(duì)軟件版本要求也不盡相同，所以需要根據(jù)自己的目的定制，如處理數(shù)據(jù)1時(shí)用“A 1.0+B 1.5”，處理數(shù)據(jù)2時(shí)用“A 2.0+B 1.5”，這樣可以組合成不同的conda環(huán)境。
  （1） 查看conda環(huán)境conda info --envs
  （2） 新建環(huán)境 conda create -n rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y
  含義是新建一個(gè)名為“rnaseq”的環(huán)境，指定python版本是3，自動(dòng)下載fastqc+trimmomatic。
  （3）激活環(huán)境 conda activate rnaseq
  （4）退出當(dāng)前環(huán)境conda deactivate

學(xué)習(xí)完已經(jīng)是第四天了，辛苦！