CMplot繪制曼哈頓圖

lfmm=read.table("lfmm.txt",  sep = "\t", header=T)
head(lfmm)
CMplot(lfmm, plot.type="m", multracks=F, threshold=c(18.4342),threshold.lty=c(2),
       
       threshold.lwd=c(1), threshold.col=c("black"), amplify=TRUE,LOG10=F,  ylim = c(0, 50), chr.labels=NULL,
       
       signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1), file="pdf",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)
fst=read.table("FST.txt",  sep = "\t", header=T)
head(fst)
CMplot(fst, plot.type="m", multracks=F, threshold=c(0.428999),threshold.lty=c(2),
       
       threshold.lwd=c(1), threshold.col=c("black"), amplify=TRUE,LOG10=F,  ylim = c(0, 1), chr.labels=NULL,
       
       signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1), file="pdf",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)
XPEHH=read.table("XPEHH.txt",  sep = "\t", header=T)
head(XPEHH)
CMplot(XPEHH, plot.type="m", multracks=F, threshold=c(0.276622),threshold.lty=c(2),
       
       threshold.lwd=c(1), threshold.col=c("black"), amplify=TRUE,LOG10=F,  ylim = c(0, 0.5), chr.labels=NULL,
       
       signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1), file="pdf",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)
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