劉小澤寫于19.10.28

相信大家都遇到過，這個(gè)煩人的loading~

煩人的loading

這是因?yàn)镮GV的設(shè)計(jì)者默認(rèn)全球都能訪問他們的網(wǎng)站，但是，廣大的國內(nèi)用戶做不到??！

IGV啟動(dòng)每次都要加載一下基因組和注釋文件，我們每次都要在loading上面浪費(fèi)大量的時(shí)間，那么這個(gè)問題怎么破？

思前想后，我認(rèn)為這個(gè)是一條最快的途徑

第一步 斷網(wǎng)

網(wǎng)絡(luò)是loading的根源，斷了網(wǎng)，它想訪問也沒用

第二步 重新打開IGV

一定會(huì)出現(xiàn)一個(gè)“報(bào)錯(cuò)“，說找不到這個(gè)基因組文件。但這個(gè)報(bào)錯(cuò)我們選擇無視他，然后很快就能打開這個(gè)程序

很快打開，報(bào)錯(cuò)無視

打開以后，就可以重新開啟網(wǎng)絡(luò)了

第三步 自己從本地加載基因組，一勞永逸

以人類基因組為例：

# 最好先用samtools 的faidx構(gòu)建一個(gè).fai索引文件
# for hg19 genome
cd ~/reference/genome/hg19
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.fa.gz
gunzip hg19.fa.gz && rm hg19.fa.gz
samtools faidx hg19.fa

# for hg38 genome
cd ~/reference/genome/hg38
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz
gunzip hg38.fa.gz && rm hg38.fa.gz
samtools faidx hg38.fa

把fa和它的索引.fai放在本地，然后只需要通過Genomes=>Load Genome from File，導(dǎo)入FASTA文件

本地加載

另外，還需要基因的注釋，即加載基因組GTF文件

例如下載人類基因組基因注釋文件：

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_32/gencode.v32.annotation.gtf.gz
gunzip gencode.v32.annotation.gtf.gz

File => Load from file => 選擇解壓后的GTF文件，這是為了能看到基因的信息（如下圖底部記錄）

基因組和GTF都有了，就可以載入bam文件查看了

不過好像不能按照基因名查找，但是查看bam文件是綽綽有余了

得到結(jié)果

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