biomaRt包的安裝就不細(xì)說了，說說怎么轉(zhuǎn)換ID，假設(shè)我們拿到的是一個(gè)轉(zhuǎn)錄本ENST00000370368，想看看它的基因是啥，這里面使用的主要功能是getBM()。

加載包

library(biomaRt)

Biomart目前提供了四種數(shù)據(jù)庫(kù)，可以使用listMarts()函數(shù)查看：

listMarts()
               biomart                version
1 ENSEMBL_MART_ENSEMBL      Ensembl Genes 104
2   ENSEMBL_MART_MOUSE      Mouse strains 104
3     ENSEMBL_MART_SNP  Ensembl Variation 104
4 ENSEMBL_MART_FUNCGEN Ensembl Regulation 104

我們使用ensembl

mart<-useMart("ensembl")

在ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)中包含了212個(gè)數(shù)據(jù)集,我們選擇"hsapiens_gene_ensembl"

dataset=listDatasets(mart)
View(dataset)
mydataset=useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=mart)

也就是說獲得mydataset，需要上面2個(gè)步驟，1，指定數(shù)據(jù)庫(kù)；2，指定數(shù)據(jù)集。

接下來就是轉(zhuǎn)換ID了

attributers()里面的值為我們輸出的ID類型，這里需要知道自己能夠使用的轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)屬于啥類型，比如ENST開頭是ensemble轉(zhuǎn)錄本，NM開頭是refseq_mrna，rs開頭的是refsnp_id，例如rs776746。ensembl_gene_id指的是ENSG開頭。

要說明的是snpmart <- useEnsembl(biomart="SNP",dataset = "hsapiens_snp")這里選擇SNP，另外還可以選擇gene，后面屬性是不同的，可以用listAttributes(snpmart)查看。
Attributes you want to retrieve. A possible list of attributes can be retrieved using the function listAttributes.
filters()里面的值為我們輸入的ID類型
values= 我們要查詢的數(shù)據(jù)
mart= 我們上面所選定的數(shù)據(jù)庫(kù)的基因組

hg_symbols<- getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','hgnc_symbol',"refseq_mrna"), filters= 'ensembl_transcript_id', values=ensembl_id, mart = mydataset)

我們還可以查看該基因在那個(gè)go富集通路

go<- getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','hgnc_symbol',"refseq_mrna","go_id"), filters= 'ensembl_transcript_id', values=ensembl_id, mart = mydataset)

反過來，我們還可以查看go富集通路包含哪些基因

go<- getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','hgnc_symbol',"refseq_mrna"), filters= 'go', values='GO:0097190', mart = mydataset)