Linux結(jié)構(gòu)化語句

• 條件語句 if
• 循環(huán)語句: for 循環(huán)和 while循環(huán)

條件語句 if

if 條件語句的常見格式如下，注意空格

生信技能樹小郭老師的課件圖-if條件語句

有頭有尾，一個if 就要對應(yīng)一個 fi 。有三種結(jié)構(gòu)：

• if語句的第一種結(jié)構(gòu)：條件成立做什么事情

 if [ condition ]
then
    commands
fi
## condition是條件
##then條件成立
##fi退出

• if語句的第二種結(jié)構(gòu)：條件不成立又要做什么事情

if [ condition ]
then
    commands
else
    commands
fi
##第二個command是第一個條件不成立之后寫的命令

• if語句的第三種結(jié)構(gòu)：嵌套結(jié)構(gòu)

if [ condition ]
then
    commands
else
    if [ condition ]
    then
        commands
    fi
fi
#####(else if 可以縮寫為 elif )，如下：
if [ condition ]
then
    commands
elif [ condition ]
    then
        commands
    fi
fi
##有多少個if就要有多個fi，第一個if與最后一個fi對應(yīng)，第二個if與第一個fi對應(yīng)

if 條件語句的常見條件：數(shù)值判斷、字符串判斷、文件判斷

• 數(shù)值判斷:

注意細(xì)節(jié)：[ N1 -eq N2 ]，[與N1之間必須有空格、N2與]之間必須有空格；-eq有時候用=替代，但是規(guī)范的寫法還是-eq；有時候網(wǎng)上教程把[ N1 -eq N2 ]寫成[[ N1 -eq N2 ]]集兩個中括號[[ ]]，有時候還有人用小括號(),

示例：

# 數(shù)值判斷
if [ 1 -eq 1 ]
then
  echo  "Welcome to Biotrainee() !"
else
  echo  "**************"
fi

if數(shù)值判斷示例

if [ 1 -eq 1 ]
> then
> echo "Welcome to Biotrainee() !"
> else echo "**************"
> fi
##> 大于號是系統(tǒng)自動出現(xiàn)，表示命令沒有完成
##用雙引號，雙引號里變量會被解釋，單引號里變量不會被解釋

if數(shù)值判斷簡單例子演示

可以用一整句代碼完成，用分號隔開，if...; then...; else...; fi

if [ 1 -eq 2 ]; then echo "abc"; else echo "123"; fi
##用分號，一整句代碼的好處是，可以修改。

if數(shù)值判斷一句代碼

# 結(jié)合狀態(tài)參數(shù) $?
if [ $? -eq 0 ]
then
  touch  ok.txt
fi
##$?表示的是上一句代碼是否執(zhí)行成功，為0表示執(zhí)行成功
##有時候處理需要分成很多步，通過if語句判斷上一句命令是否成功
##以后自己寫流程寫pipline時，自己去探索

結(jié)合狀態(tài)參數(shù) $?示例

• 字符串判斷

做數(shù)據(jù)處理時不常用，可能運(yùn)維工程師可能用到，做生信分析不常用到。

• 文件判斷

-a：判斷文件FILE是否存在
-d：是否存在一個文件夾FIL
-f：判斷一個普通文件，就是文本文件，上一個流程完成應(yīng)該生成一個文件，用if判斷，如果那樣的文件，就可以往下一個流程走。

if [ $? -eq 0 ]; then touch ok1.txt; fi
ls
##以上步驟生成一個ok.txt

# 文件判斷
if [ ! -f ok.txt ]
then
  touch  ok.txt
fi

if判斷存在以及創(chuàng)建文件命令

循環(huán)語句

for循環(huán)語句

• for循環(huán)語句的常見格式

for i in list
do
   commands
done

##list是循環(huán)的條件，一個樣本提交一個命令

初學(xué)者if語句用得比較少，循環(huán)語句用得比較多。

for i in  1 2 3 4 5 
do
  echo ${i} "Welcome to Biotrainee() !"
done

for i in {1..10}
do
  touch  file${i}
done
ls
###等差創(chuàng)建10個文件

list="CDS exon gene start_codon stop_codon transcript UTR"
for i in ${list}
do
  echo  "This feature is ${i}"
done
##用雙引號，雙引號里變量會被解釋，單引號里變量不會被解釋
##循環(huán)的結(jié)尾為done
##循環(huán)語句很長時，賦值給list變量。

循環(huán)語句的演示

自己很好奇，因?yàn)閕f語句能寫成一整句代碼，試了看看能不能用循環(huán)也寫成一整句代碼，結(jié)果是不行，list和分隔符；不能被識別，循環(huán)不能寫成一整句代碼，得一步步來。

循環(huán)語句不能寫成一整句代碼

• 其它循環(huán)條件表示方法

用優(yōu)先級命令來作為循環(huán)條件，優(yōu)先級符號``

ls
ls file*
for i in `ls file*`
> do
> mv ${i} ${i}.txt
> done
ls *txt
#file1.txt   file2.txt  file4.txt  file6.txt  file8.txt  ok.txt
#file10.txt  file3.txt  file5.txt  file7.txt  file9.txt  readme.txt
###ls file*把這個結(jié)果作為條件，
###用反引號``把ls file*括起來，里面的代碼有最高優(yōu)先級，`ls file*`會被優(yōu)先執(zhí)行，把10個結(jié)果當(dāng)成條件，放到i in的后面，i在這10個條件里循環(huán)
##對10個文件可以進(jìn)行一些操作，如刪除，這里演示的是重命名mv ${i} ${i}.txt，把fiel1..file10重命名為fiel1.txt..file10.txt

優(yōu)先級循環(huán)方法

while 循環(huán)

• while循環(huán)語句的常見格式:

while read id 
do
     commands
done
##id相當(dāng)于i，自定義的一個變量，可以隨便命名，

原來的格式：（比較老，不常用）

while command 
do
    other commands
done

示例

ls file* | while  read  id;
do 
  mv ${id} ${id}.txt ; 
done

##傳參
ls  file* > config
cat config | while  read id
do 
  mv  ${id}  ${id%.txt}
done
## ${id%.txt}的后綴名去掉
##單獨(dú)運(yùn)行cat config顯示一個文件就是單獨(dú)一行，共10行，ls file*出的結(jié)果占一行，主要是ls根據(jù)窗口大小去調(diào)。如果把窗口設(shè)置小也是10行。

ls  file* > config
cat config | while  read id
do 
  mv  ${id}  ${id/txt/csv}
done
ls
##${id/txt/csv}把txt變?yōu)閏sv
##while循環(huán)是怎么傳遞的：
#cat config | while  read id，其中cat config 產(chǎn)生10行，一行就是一個id

ls  file* > config
cat config | while  read id
do 
  mv  ${id}  ${id.*}
done
ls

while循環(huán)的一個例子

while循環(huán)去掉后綴

while批量給文件加后綴和替換后綴

while加后綴和替換后綴

while循環(huán)結(jié)合*去掉文件后綴

while循環(huán)結(jié)合*去掉后綴

結(jié)構(gòu)化語句練習(xí):

1.運(yùn)行下面兩句命令

id=example
fastqc ~/Data/${id}.fq

練習(xí)題1

2.用 if 判斷 $? 的是否為0，如果是，輸出yes，如果否，輸出no

if [ $? -eq 0 ]
> then
> echo "yes"
> else
> echo "no"
> fi
#yes
##if語句里的[]記得與其它字符之間要有空格

結(jié)構(gòu)語句練習(xí)題2

1到2題的答案:

id=example
fastqc ~/Data/${id}.fq
if [ $? -eq 0 ]
then
  echo "yes"
else 
  echo "no"
fi

3.生成10個文件，file1~10

 touch file{1..10}

批量創(chuàng)建10個文件

#touch file{1..10}
##在第三題上創(chuàng)建的10個文件進(jìn)行操作
ls
 ls file* >config
 cat config
  cat config | while read id
> do
> echo "hello welcome to Biotrainee()!" >${id}
> done
cat config
cat file1
##hello welcome to Biotrainee()!
######以上是自己一步步探索，作為除學(xué)者，多敲些代碼
  ls file* | while read id
> do
> echo "hello welcome to Biotrainee()!" >${id}
> done
cat file1
##>表示重定向，也可以用>>追加，添加內(nèi)容

結(jié)構(gòu)化練習(xí)題4

3到4題的答案：

touch  file{1..10}

ls file* | while read id
do 
  echo  "xxx"  > ${id}
done

• 嘗試批量查看文件

cat fiel{1..10}
##報錯，不能這么用
cat file*
##可以查看，對于內(nèi)容簡單的文本，可以這么看，要是內(nèi)容多，沒意義，會刷屏

自己試試批量查看純文本文件

說明

以上內(nèi)容是聽生信技能樹小郭老師授課內(nèi)容以及參考課件。