寫在前面
至此，「TBtools」中「分子輔助育種」相關的功能釋放 30% 了。第一階段結束。余下功能，預計等暑期慢慢釋放?！腹δ荛_發(fā)」的難度。作為階段結束推文，相對簡單，是「Primer Check」插件的升級簡要說明。
前述，「Primer Check」做了兩次升級：
- 引物特異性檢測
- 與「e-GelImage」結合，開發(fā)成有電泳圖的引物特異性檢測
可以發(fā)現(xiàn)，都是針對引物特異性檢測的。但事實上，在「分子標記」開發(fā)工作中，我們常常需要的是檢測引物在多個材料中的「多態(tài)性」而不是純粹的在一個樣品中的特異性。
升級版「Primer Check」
于是，簡單修改了一下邏輯，用戶只需要選取指定的多個Primer Check Database 就可以開展引物多態(tài)性檢驗。大體如下，
輸出結果如下
可以看到，第一對引物在
93-11 和 IR64 中存在片段大小變化，而Nip和93-11中大小一致；第二對引物同樣 93-11 和 IR64 中存在片段大小變化，但在Nip中沒有有效擴增片段（或者是引物無法正常結合；或者是有大的插入片段......）。當然，這很合理，因為這個位點，我們是基于 93-11 和 IR64 的基因組比對獲得的。
寫在最后
今天是假期第一天。就寫這么多了。
