這一部分主要是關(guān)于安裝包管理軟件miniconda已經(jīng)miniconda的使用，在徐洲更哥哥的b站教程里有非常非常詳細(xì)的講解，跟著做幾乎不會踩坑，我這里從安裝miniconda開始寫，權(quán)當(dāng)做個筆記方便參考了，當(dāng)然對于從這個教程開始接觸生信的同學(xué)來說，前面的部分也非常重要。
b站鏈接：https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX順便也貼一個簡書教程http://www.itdecent.cn/p/edaa744ea47d
為什么要安裝conda
根據(jù)徐洲更哥哥的說法，miniconda是一個Linux下的應(yīng)用市場，我們可以用它下載大部分我們需要的生信分析軟件。一般來說，一個軟件包的運(yùn)行需要依賴于其他已有的包，miniconda很好地解決了這個問題。此外miniconda也能夠提供不同的隔離環(huán)境方便python2和python3依賴的軟件之間相互沖突。
安裝conda
這里我們用清華鏡像進(jìn)行安裝
進(jìn)入網(wǎng)頁https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/，選擇一個miniconda3的Linux版本，右鍵復(fù)制鏈接，我下載最近版本的會報錯，保險起見下一個不是特別新的版本吧。
回到Linux界面，用wget命令進(jìn)行下載。
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh
完成下載后用bash命令開始安裝，每一步都按提示走，但是這里注意當(dāng)問你是否要添加到環(huán)境變量時選擇no。
bash Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh #開始安裝
到這里就完成了miniconda的安裝。
如果你需要卸載conda，在~目錄下用rm命令刪除miniconda3文件夾即可
管理miniconda
首先啟動miniconda，我們需要進(jìn)入miniconda的環(huán)境才能使用相關(guān)的命令，這時候你的命令行最前面出現(xiàn)了一個（base）。當(dāng)然也可以跟著其他教程學(xué)著做一個軟連接就不用那么麻煩了。
source ~/miniconda3/bin/activate
下面我們需要添加一些頻道，我們就是通過這些頻道查找并進(jìn)行軟件安裝。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
這時候我們輸入以下代碼，就看到這些頻道已經(jīng)添加上了。:wq退出
vim ~/.condarc
現(xiàn)在我們就可以安裝軟件了，但是先別忙，我們需要再構(gòu)建一個python2的隔離環(huán)境，要不當(dāng)你安裝python2的軟件時，你的miniconda依賴包就會被改成python2。
create -n python2 python=2 #創(chuàng)建python2環(huán)境
conda info --envs #查看當(dāng)前環(huán)境
source activate python2 #進(jìn)入python2環(huán)境
source deactivate python2 #回到base環(huán)境
以下命令可以退出基礎(chǔ)環(huán)境
conda deactivate
用miniconda安裝RNAseq需要的應(yīng)用
進(jìn)入miniconda環(huán)境后，我們就可以用conda install命令安裝軟件了。
##python3環(huán)境下
conda install fastqc trimmomatic（conda可以同時指定兩個軟件安裝）
conda install hisat2 sra-tools
##python2環(huán)境下
source activate python2 #進(jìn)入python2環(huán)境
conda install htseq -y
conda list #查看已經(jīng)安裝的軟件
這里補(bǔ)充一個彩蛋。我有一次安裝軟件的時候卡了，軟件沒下完就中斷了，在這種情況下是沒辦法安裝其他軟件的，需要先卸載這個軟件才行。需要進(jìn)入~/miniconda3/pkgs/目錄，用rm命令刪除對應(yīng)的.tar.bz2文件,然后用conda clean -a命令清除一下。這樣就可以繼續(xù)安裝軟件了。
這樣我們完成了所有的準(zhǔn)備工作，可以正式開始RNA-seq流程了。
