寫(xiě)在前面

昨天我們分享了使用Python繪制折線圖的教程，跟著NC學(xué)作圖 | 使用python繪制折線圖,考慮到很多同學(xué)基本不使用Python繪圖。那么，我們也使用R語(yǔ)言復(fù)現(xiàn)此圖形。

此外，在前期的教程中，我們基本沒(méi)有分享過(guò)折線圖的教程。因此，我們?cè)谶@里也制作一期關(guān)于折線圖的教程。在后續(xù)的教程，會(huì)陸續(xù)進(jìn)行更新。在教程中，小杜會(huì)對(duì)相關(guān)的參數(shù)進(jìn)行注釋，盡可能的為大家（自己）后續(xù)的繪圖提供方便。

該系列的教程，在每個(gè)教程末尾我們會(huì)提供全部的數(shù)據(jù)和代碼。

文獻(xiàn)中圖形

復(fù)現(xiàn)圖形

歡迎投稿

小杜一直在分享自己平時(shí)學(xué)習(xí)筆記，因此分享的內(nèi)容大多數(shù)是與自己相關(guān)的，局限性比較大。我一直在倡導(dǎo)大家一起分享自己學(xué)習(xí)筆記或教程。分享內(nèi)容不限于生信教程，可以是文章or文獻(xiàn)、遇到的問(wèn)題及解決方案、學(xué)習(xí)感悟等等。

繪圖

加載相關(guān)包和數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換

library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(RColorBrewer)

導(dǎo)入數(shù)據(jù)

##導(dǎo)入數(shù)據(jù)
df <- read.csv("20230820數(shù)據(jù).csv",header = T)
head(df)

提供的數(shù)是此類型的數(shù)據(jù)格式

轉(zhuǎn)換方法一：自己手動(dòng)轉(zhuǎn)換，每個(gè)數(shù)據(jù)進(jìn)行在Execl中手動(dòng)轉(zhuǎn)換，總的有38個(gè)數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)，共380行，花費(fèi)時(shí)間1個(gè)小時(shí)左右。

方法二：

## 轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)
df_long <- df %>%
  rownames_to_column("type") %>%
  pivot_longer(-type, names_to = "Group", values_to = "Exp")

df2 <- df_long %>%
  select(type, Exp, Group) %>%
  arrange(Group, type)

#數(shù)據(jù)類型
df2[1:20,1:3]

數(shù)據(jù)格式

> str(df2)
'data.frame':   380 obs. of  3 variables:
 $ type : Factor w/ 10 levels "1","2","3","4",..: 1 10 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
 $ Exp  : num  8.58 9.94 8.04 11.21 11.41 ...
 $ Group: chr  "A1" "A1" "A1" "A1" ...

繪制基礎(chǔ)圖形

##'@繪制基礎(chǔ)圖形
ggplot(df2,aes(Group, 
               Exp, group = type, color = type))+
  geom_point(size = 4)+
  geom_line(position = position_dodge(0.1),cex = 1.3)+
  theme(#legend.position = c(0.2,0.8),
    legend.background = element_blank(),
    legend.title = element_text(size = 15),
    legend.text = element_text(size = 10),
    axis.text.y = element_text(angle = 90)) 

更改X軸的排序

使用factor()即可指定排序順序。

.....
....
....
..
..

.......詳情請(qǐng)移步

輸出文件

##輸出為pdf
ggsave("20230821-1.折線圖.pdf",width = 14, height = 6)
##輸出為jpg圖片
ggsave("20230821-1.折線圖.jpg",width = 14, height = 6)

往期文章：

1. 最全WGCNA教程（替換數(shù)據(jù)即可出全部結(jié)果與圖形）

• WGCNA分析 | 全流程分析代碼 | 代碼一

• WGCNA分析 | 全流程分析代碼 | 代碼二

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2. 精美圖形繪制教程

• 精美圖形繪制教程

3. 轉(zhuǎn)錄組分析教程

小杜的生信筆記，主要發(fā)表或收錄生物信息學(xué)的教程，以及基于R的分析和可視化（包括數(shù)據(jù)分析，圖形繪制等）；分享感興趣的文獻(xiàn)和學(xué)習(xí)資料!!