寫在前面

很多人都知道“建樹”，NJ樹，最大似然樹 - ML，貝葉斯法建樹~ 建樹的目的常常有兩個：

• 分類
• 推斷演化順序
• 其他 - 如分析基因家族擴張收縮等

很多人都會用 mega 來建樹，因為他非常方便，導入序列，點擊多序列比對，然后就建樹（mega默認在建樹前可以選擇按有效位點比例剪切）。事實上，中間還缺一個關(guān)鍵步驟，我相信很多不接觸演化的朋友完全不知道。那就是“篩選合適的氨基酸替換模型”。IQ-tree的橫空出世，解決了這一問題。軟件的流行，不僅僅在于其快慢，還在于其方便程度。
當然，要做最方便，那么最好是，多序列比對 和 比對結(jié)果修剪 都直接自動化起來。對于專門做演化，尤其是質(zhì)體基因組的朋友，如果需要界面化工具，那么我一般推薦的是老鐵張東開發(fā)的“Phylosuite”。當然，如果是 TBtools 用戶，又想偷個懶，快速畫個進化樹看看，那么可以用今天推出的最新功能“One Step Build a ML Tree”。

一鍵構(gòu)建進化樹

一直以來，我不太想寫這個功能，一者是覺得沒必要，二者是懶得動。但前段時間在演示 TBtools 的使用時，我發(fā)現(xiàn)絕大多數(shù)人，其實跟我一樣，能偷懶的地方也像偷懶。我們還是不夠勤奮，無妨。有限的時間，還是要用在點上才好，于是我開放了早就寫好的一鍵建樹功能，大體如下：

1. 輸入蛋白序列（無需比對）
2. 輸出文件路徑
3. 點擊開始
4. 等待即可
   期間，該功能會調(diào)用 Muscl 進行多序列比對，使用 trimAI 修剪比對結(jié)果，最后調(diào)用 IQ-tree 自動篩選氨基酸替換模型，然后建一個ML樹。完成了，就輸出進化樹文本，并彈窗一個進化樹，可以快速分析。

使用示例

打開 TBtools，先喝一碗主界面的雞湯，然后選擇到功能

總之，打開界面之后，幾乎只需要做兩個事情，把蛋白序列放進去，然后設(shè)置輸出文件，點擊 Start 即可。

建樹完成會自動彈出一個繪制好的進化樹

寫在最后

Emmm，簡單的工具，其實不需要說明書。