1.推薦ascp 下載

2.NCBI 下載地址

ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR799/SRR799662/SRR799662.sra

ascp 下載

for i in `cat list`;do
    /home/xmxjy/.aspera/connect/bin/ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR799/$i/$i.sra ./sra
done

或者

for i in `cat list`;do
    /home/xmxjy/.aspera/connect/bin/ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{SRR|ERR|DRR}/substr($i,1,6)/$i/$i.sra ./sra
done

當然，有些數(shù)據(jù)可能下不了

用prefetch

/workdir/Biosoft/sratoolkit.2.9.4-2-centos_linux64/bin/prefetch SRR799631 -O .

or

/workdir/Biosoft/sratoolkit.2.9.4-2-centos_linux64/bin/prefetch -option-file SRR_Acc_List.txt -O .

將sra 轉(zhuǎn)為fastq格式

#single-end 單端測序

.../fastq-dump  DRR000003.sra               # 結(jié)果生成DRR000003.fastq

.../fastq-dump  --fasta  DRR000003.sra   # 結(jié)果生成DRR000003.fastq

 

#pair-end  雙端測序

.../fastq-dump --split-3  DRR002018.sra    #  結(jié)果生成   DRR002018_1.fastq，DRR002018_2.fastq

在ENA數(shù)據(jù)庫下載也可以
從ENA數(shù)據(jù)庫進行下載，ENA數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)存放位置是fasp.sra.ebi.ac.uk，ENA在Aspera的用戶名是era-fasp，era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk。如果要從ENA數(shù)據(jù)庫下載SRR2976573，
ena 可直接下載fastq文件

ena搜索頁面：https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRRid
ena ftp：ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR799
ena ascp鏈接：ra-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/

下載shell腳本

#不加 -P33001 報錯

for i in `cat list_no`;do
    /home/xmxjy/.aspera/connect/bin/ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l400m  -P33001 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR799/$i .
done