Conda是開放源代碼的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)。miniconda是Conda的精簡版本，我們一般使用miniconda進(jìn)行生信上游流程軟件的安裝。
相比于其他軟件下載方式，其優(yōu)勢在于能簡單快捷下載軟件及其所需的依賴環(huán)境，并且為每個流程創(chuàng)建單獨的環(huán)境，避免軟件之間可能引起的沖突。

Conda官網(wǎng)：Conda — Conda documentation

conda.png

1. miniconda3的下載安裝

• 切換到安裝位置（一般為主目錄~）， 從中科大鏡像下載最新的miniconda3，bash啟動安裝，一直enter、yes就可以了。

wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash  Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh

• 若想平時不在conda環(huán)境，則需要將.bashrc文件中的conda設(shè)置內(nèi)容注釋 。
  平時在~/miniconda3/bin/下執(zhí)行 source activate就可使用conda了。
  更便捷的方法是在~/.bashrc 下添加 ：

alias condaac='source ~/miniconda3/bin/activate' 

設(shè)置后使用condaac命令就可以快捷地激活conda環(huán)境了

注釋掉conda 啟動代碼，添加alias

2. 設(shè)置conda鏡像源

依次輸入以下命令設(shè)置軟件鏡像源，并展示鏡像源地址，一般設(shè)下載地址為清華，也可以選擇其他。注意，要用 bioconda 源，必須先設(shè)置 conda-forge 源，并且 conda-forge 源優(yōu)先級是最高的

清華：anaconda | 鏡像站使用幫助 | 清華大學(xué)開源軟件鏡像站 | Tsinghua Open Source Mirror

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config  --set show_channel_urls yes

北外鏡像：

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config  --set show_channel_urls yes

中科大：

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config  --set show_channel_urls yes

其他一些命令：

conda config --show channels                              #顯示鏡像源
conda config --show-sources                               #顯示鏡像源
conda config --remove channels  https://***              #刪除鏡像源

3. 創(chuàng)建流程環(huán)境

• 創(chuàng)建rna流程環(huán)境，指定python版本為3，同時下載sra-tools 軟件

conda create -n rna_p3 python=3 sra-tools               
conda env list                                      #查看環(huán)境
conda activate rna_p3                               #進(jìn)入conda 環(huán)境
conda deactivate                                    #退出當(dāng)前conda環(huán)境

• 如果想重命名環(huán)境：先新建clone再進(jìn)行刪除

conda create -n rna --clone rna_p3
conda remove -n rna_p3 --all

4. 軟件的下載管理

conda安裝包在線查詢 https://anaconda.org/

conda install （-y）軟件名            # 安裝軟件
conda install 軟件名=版本號           # 安裝特定版本軟件
conda search 軟件名                   #搜索軟件
conda list                           # 列出已安裝軟件
conda update  軟件名                   #更新軟件 
conda remove 軟件名                   #卸載軟件

5. 在腳本中切換conda環(huán)境

若想在腳本中切換conda環(huán)境，腳本內(nèi)容如下，腳本執(zhí)行完后會自動退回當(dāng)前環(huán)境

  source  ~/miniconda3/bin/activate  rna_p3
  python --version
  conda info --envs
  #####命令
  python --version
  conda info --envs

或者先在腳本執(zhí)行source ~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh，再使用conda命令

6. 環(huán)境遷移：導(dǎo)出安裝包列表成為yaml文件

如果想要遷移環(huán)境中的安裝包到其他計算機(jī)上，可以導(dǎo)出yaml文件

conda env export --file rna_p3_env.yaml --name rna_p3
conda env create -f rna_p3_env.yaml

參考資料：
conda的安裝與使用（2021-04-27更新） - 簡書 (jianshu.com)
bioconda channel設(shè)置 - 簡書 (jianshu.com)
【生信技能樹】轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析_嗶哩嗶哩_bilibili