官方手冊(cè)——中

Cytoscape3.7.2用戶手冊(cè)

8.節(jié)點(diǎn)和邊列數(shù)據(jù)

交互網(wǎng)絡(luò)可用作獨(dú)立模型。但是，當(dāng)與其他信息集成在一起時(shí)，它們對(duì)于回答科學(xué)問題最有效。Cytoscape允許用戶向Cytoscape添加任意節(jié)點(diǎn)，邊緣和網(wǎng)絡(luò)信息，作為節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)列。例如，這可能包括有關(guān)基因的注釋數(shù)據(jù)或蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用中的置信度值。然后，可以通過設(shè)置從列到網(wǎng)絡(luò)屬性（顏色，形狀等）的映射，以用戶定義的方式可視化這些列數(shù)據(jù)。關(guān)于樣式的部分 將對(duì)此進(jìn)行更詳細(xì)的討論。

8.1。導(dǎo)入數(shù)據(jù)表文件

Cytoscape提供了從定界文本和MS Excel數(shù)據(jù)表導(dǎo)入數(shù)據(jù)的支持。

樣本數(shù)據(jù)表1

數(shù)據(jù)表文件應(yīng)包含一個(gè)主鍵列和至少一個(gè)數(shù)據(jù)列。數(shù)據(jù)列的最大數(shù)量是無(wú)限的。別名列是一個(gè)可選的特征，如使用數(shù)據(jù)作為列名的第一行?；蛘?，您可以從“文件”→“導(dǎo)入”→“來(lái)自文件的表…”用戶界面中指定每個(gè)列的名稱。

基本操作

_images / ImportColumnsFromTable.png

1. 選擇文件→導(dǎo)入→從文件表…。

2. 選擇一個(gè)數(shù)據(jù)文件。該文件可以是文本文件，也可以是Excel（.xls / .xlsx）文件?；蛘?，您可以簡(jiǎn)單地將文件從桌面拖放到“表面板”中。

3. 在“目標(biāo)表數(shù)據(jù)”部分中，選擇要將數(shù)據(jù)導(dǎo)入到的位置。您可以選擇現(xiàn)有的網(wǎng)絡(luò)集合（僅特定的網(wǎng)絡(luò)），也可以選擇將數(shù)據(jù)導(dǎo)入 未分配的表（如下所述）。

4. 根據(jù)在“導(dǎo)入表數(shù)據(jù)的位置” 下拉列表中選擇的內(nèi)容，您將需要選擇一個(gè)網(wǎng)絡(luò)集合或特定網(wǎng)絡(luò)。您還需要選擇Importing Type，即數(shù)據(jù)是節(jié)點(diǎn)表，邊緣表還是網(wǎng)絡(luò)表列。

5. 如果未在預(yù)覽面板中正確分隔表格，請(qǐng)?jiān)凇?strong>高級(jí)選項(xiàng)”面板中更改分隔符。默認(rèn)的分隔符是制表符。Excel工作簿不需要此步驟。

6. 默認(rèn)情況下，第一列被指定為主鍵，由
   _images / Key.png

   key.png圖標(biāo)指定。要將另一列設(shè)置為鍵，請(qǐng)單擊列標(biāo)題旁邊的箭頭，然后選擇鍵符號(hào)。確保指定為鍵的列與網(wǎng)絡(luò)中的鍵匹配。

7. 同樣，要更改列的數(shù)據(jù)類型（例如，從整數(shù)更改為字符串），請(qǐng)單擊列標(biāo)題旁邊的箭頭，然后選擇正確的數(shù)據(jù)類型

8. 單擊確定導(dǎo)入。

未分配表

從Cytoscape 3.1開始?？梢栽诓粚?shù)據(jù)表分配給現(xiàn)有網(wǎng)絡(luò)的情況下導(dǎo)入數(shù)據(jù)表，這意味著數(shù)據(jù)不必與當(dāng)前加載的任何節(jié)點(diǎn)/邊相對(duì)應(yīng)。如果以未分配的方式導(dǎo)入數(shù)據(jù)表，并且隨后導(dǎo)入以節(jié)點(diǎn)或邊的形式映射到數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)，則數(shù)據(jù)將自動(dòng)鏈接。在加載大型數(shù)據(jù)集（例如表達(dá)式數(shù)據(jù)），定義用于可視化網(wǎng)絡(luò)上的數(shù)據(jù)的樣式以及稍后加載單個(gè)網(wǎng)絡(luò)以查看數(shù)據(jù)（例如從聯(lián)機(jī)數(shù)據(jù)庫(kù)中）時(shí)，這很有用。此功能允許將數(shù)據(jù)自動(dòng)鏈接到適用的任何網(wǎng)絡(luò)，而不必為每個(gè)網(wǎng)絡(luò)加載數(shù)據(jù)。

10.查找和過濾節(jié)點(diǎn)和邊緣

10.1。搜索欄

您可以直接通過Cytoscape的工具欄按列值搜索節(jié)點(diǎn)和邊。例如，要選擇以“ STE”開頭的列值的節(jié)點(diǎn)或邊，請(qǐng)ste*在搜索欄中鍵入。搜索不區(qū)分大小寫。該*是通配符匹配零個(gè)或多個(gè)字符，同時(shí)?匹配一個(gè)字符。因此 ste?將匹配“ STE2”，但將不匹配“ STE12”。搜索 ste*將兩者都匹配。

_images / searchbar3.png

要搜索特定的列，可以在搜索詞前添加列名，后跟一個(gè):。例如，要選擇具有以“ STE”開頭的“ COMMON”列值的節(jié)點(diǎn)和邊，請(qǐng)使用 common:ste*。如果您未指定特定列，則將搜索所有列。

搜索特定列時(shí)，名稱中包含空格，引號(hào)或字母和數(shù)字以外的字符的列當(dāng)前不起作用。此問題將在以后的版本中修復(fù)。

要搜索包含特殊字符的列值，您需要使用“ \”對(duì)這些字符進(jìn)行轉(zhuǎn)義。例如，要搜索“ GO：1232”，請(qǐng)使用查詢GO\:1232。特殊字符的完整列表是：

+ - & | ! ( ) { } [ ] ^ " ~ * ? : \

注意：轉(zhuǎn)義字符僅在搜索所有列時(shí)有效。當(dāng)前不適用于特定于列的搜索。此問題將在以后的版本中修復(fù)。

10.2。篩選器

“控制面板”中的“選擇”選項(xiàng)卡可用于創(chuàng)建用于選擇節(jié)點(diǎn)和邊的選擇表達(dá)式。

_images / select-panel2.png

有兩個(gè)選項(xiàng)卡：

1. 在“過濾器”選項(xiàng)卡上是縮小過濾器，可以將它們組合成一個(gè)樹。

2. 在鏈選項(xiàng)卡上是可鏈接的變壓器，可以將它們組合成線性鏈。

縮小過濾器

縮小過濾器應(yīng)用于網(wǎng)絡(luò)中的所有節(jié)點(diǎn)和邊緣，并用于根據(jù)用戶指定的約束選擇節(jié)點(diǎn)和邊緣的子集。例如，您可以找到權(quán)重在0到5.5之間或度數(shù)小于3的邊。過濾器可以包含任意數(shù)量的子過濾器。

_images / filterhandle.png

請(qǐng)用鼠標(biāo)抓住filterhandle.png手柄 ，然后將過濾器拖放到其預(yù)期的目標(biāo)位置。將一個(gè)過濾器放到另一個(gè)過濾器的頂部會(huì)將這些過濾器分組為一個(gè)復(fù)合過濾器。

Cytoscape隨附了以下縮小過濾器：

列過濾器

列過濾器將匹配具有特定列值的節(jié)點(diǎn)或邊。根據(jù)列數(shù)據(jù)類型，提供了多種匹配選項(xiàng)：

數(shù)值欄

• 顯示的滑塊代表該列中的最小值和最大值。拖動(dòng)兩個(gè)控柄以選擇一個(gè)值范圍。

• 范圍值也可以手動(dòng)輸入。

• 選項(xiàng)：

  • is：選擇范圍內(nèi)的值。

  • is not：選擇超出范圍的值。

字符串列

• 根據(jù)以下選項(xiàng)，在文本框中輸入的文本將與列值匹配。

• 選項(xiàng)：

  • contains：選擇包含文本的值。

  • doesnot contains：選擇不包含文本的值。

  • is：選擇與文本完全匹配的值（不區(qū)分大小寫）。

  • is not：選擇與文本不完全匹配的值（不區(qū)分大小寫）。

  • regex：使用Java正則表達(dá)式語(yǔ)法選擇與正則表達(dá)式匹配的值。這比上述選項(xiàng)提供的匹配要復(fù)雜得多。

• 默認(rèn)情況下，字符串匹配不區(qū)分大小寫。區(qū)分大小寫的匹配要求使用以“（？-i）”開頭的正則表達(dá)式。例如，要以區(qū)分大小寫的方式匹配文本“ ABC”，請(qǐng)使用以下正則表達(dá)式：“（？-i）ABC”。

邏輯列

• 布爾列只能包含三個(gè)值：true，false或blank。

• 選項(xiàng)：

  • true：選擇為true的值。

  • false：選擇錯(cuò)誤的值。

列表列

• 列表列的列過濾器與非列表列過濾器相似，但是還有一個(gè)附加選項(xiàng)……

  • 任意元素：如果列表中的任何值與過濾器匹配，則匹配。

  • 每個(gè)元素：僅當(dāng)列表中的所有值均與過濾器匹配時(shí)才匹配。

度過濾器

度過濾器匹配度在給定的最小值和最大值（包括最大值和最小值）之內(nèi)的節(jié)點(diǎn)。您可以選擇過濾器是按入度，出度還是整體（入+出）度進(jìn)行操作。

拓?fù)溥^濾器

拓?fù)溥^濾器匹配具有一定數(shù)量的鄰居的節(jié)點(diǎn)，這些鄰居的距離在固定距離之內(nèi)，并且與子過濾器匹配?？梢元?dú)立設(shè)置鄰域大小和距離的閾值，并將子濾波器應(yīng)用于每個(gè)此類鄰居節(jié)點(diǎn)。

如果子過濾器與所需數(shù)目的鄰居節(jié)點(diǎn)匹配，則拓?fù)溥^濾器將成功匹配節(jié)點(diǎn)。

分組和組織過濾器

默認(rèn)情況下，節(jié)點(diǎn)和邊需要滿足所有過濾器的約束。您可以更改此設(shè)置，以便只需要滿足至少一個(gè)過濾器的約束條件即可匹配節(jié)點(diǎn)或邊。此行為由“全部匹配/任何”下拉框控制。一旦您的過濾器有多個(gè)子過濾器，就會(huì)顯示此消息。例如，假設(shè)您想匹配COMMON列中包含ste 或的節(jié)點(diǎn)cdc，但只希望度數(shù)為5或更高的節(jié)點(diǎn)，則首先要構(gòu)建一個(gè)如下所示的過濾器：

_images / group1.png

此過濾器將匹配COMMON包含ste 和的 節(jié)點(diǎn)cdc。要將其更改為邏輯或操作，請(qǐng)通過其手柄

_images / filterhandle.png

_images / group2.png

還可以通過將過濾器放在現(xiàn)有過濾器之間來(lái)對(duì)它們進(jìn)行重新排序。

10.3。擴(kuò)散

這個(gè)功能可以完成hub gene關(guān)聯(lián)圖的篩選

Cytoscape的擴(kuò)散算法嘗試使用一組節(jié)點(diǎn)和整個(gè)交互網(wǎng)絡(luò)來(lái)查找與原始組最相關(guān)的節(jié)點(diǎn)。從概念上講，擴(kuò)散將熱量應(yīng)用于集合中的每個(gè)節(jié)點(diǎn)，并讓熱量流經(jīng)連接邊到相鄰節(jié)點(diǎn)。然后，它生成一個(gè)節(jié)點(diǎn)列表，這些節(jié)點(diǎn)按它們積累的熱量進(jìn)行排序。具有許多連接的節(jié)點(diǎn)將趨向于具有較高的等級(jí)，而孤立的節(jié)點(diǎn)將趨向于具有較低的等級(jí)。

默認(rèn)情況下，擴(kuò)散使用選定節(jié)點(diǎn)集作為熱源，每個(gè)節(jié)點(diǎn)具有相同的初始熱量。在擴(kuò)散結(jié)束時(shí)，Cytoscape會(huì)保留所選熱節(jié)點(diǎn)的前90％。它允許您使用“結(jié)果”面板動(dòng)態(tài)選擇更高或更低的百分位數(shù)。它還將節(jié)點(diǎn)的初始熱量存儲(chǔ)為“ diffusion_input”列中的節(jié)點(diǎn)屬性，并在“ diffusion_output_heat”和“ diffusion_output_rank”列中返回?zé)崃亢团琶怠?/p>

先進(jìn)的擴(kuò)散選項(xiàng)使您可以通過其“ diffusion_input”屬性為每個(gè)節(jié)點(diǎn)指定初始熱量值。

該圖顯示了選擇PHO4，GCR1和ICL1基因（通過搜索欄）并通過選擇“工具”→“擴(kuò)散”→“選定節(jié)點(diǎn)”或右鍵單擊“擴(kuò)散”→“選定節(jié)點(diǎn)”執(zhí)行擴(kuò)散的結(jié)果。擴(kuò)散計(jì)算了網(wǎng)絡(luò)中所有331個(gè)節(jié)點(diǎn)的熱量排名，然后選擇了前33個(gè)節(jié)點(diǎn)。

_images / after_diffusion.png

要選擇33個(gè)以上的節(jié)點(diǎn)，請(qǐng)向右移動(dòng)“擴(kuò)散輸出結(jié)果”面板中的“節(jié)點(diǎn)等級(jí)”滑塊，或在“當(dāng)前等級(jí)”字段中輸入大于33的數(shù)字。您還可以通過使用范圍列選擇包含熱值的列來(lái)使用熱值截止選擇節(jié)點(diǎn)。最后，您可以使用“視覺樣式”選擇器和“創(chuàng)建”按鈕將所選節(jié)點(diǎn)提取到新網(wǎng)絡(luò)中。

11.導(dǎo)航和布局

11.1?；揪W(wǎng)絡(luò)導(dǎo)航

Cytoscape使用可縮放的用戶界面來(lái)導(dǎo)航和查看網(wǎng)絡(luò)。ZUI使用兩種導(dǎo)航機(jī)制：縮放和平移?？s放基于用戶想要看到多少視圖來(lái)增加或減小視圖的放大率。平移允許用戶將屏幕的焦點(diǎn)移至視圖的不同部分。

放大

Cytoscape提供了四種縮放機(jī)制：工具欄按鈕，菜單選項(xiàng)，鍵盤快捷鍵和滾輪。

使用工具欄上的縮放按鈕可以放大和縮小當(dāng)前網(wǎng)絡(luò)顯示中顯示的交互網(wǎng)絡(luò)?？s放圖標(biāo)詳細(xì)說(shuō)明如下：

_images / image049.png

從左到右：

• 放大

• 菜單選項(xiàng)：查看→放大

• 鍵盤快捷鍵：Ctrl-Plus（Command-Plus在Mac OS X）

• 縮小

• 菜單選項(xiàng)：查看→縮小

• 鍵盤快捷鍵：Ctrl-Minus（Command-Minus在Mac OS X）

• 縮小以顯示所有當(dāng)前網(wǎng)絡(luò)

• 菜單選項(xiàng)：查看→適合內(nèi)容

• 鍵盤快捷鍵：Ctrl-0（Command-0在Mac OS X）

• 縮放所選區(qū)域

• 菜單選項(xiàng)：查看→適合所選

• 鍵盤快捷鍵：Ctrl-9（Command-9在Mac OS X）

移動(dòng)

使用滾輪，您可以通過向上滾動(dòng)來(lái)放大，而可以通過向下滾動(dòng)來(lái)縮小。在啟用自然滾動(dòng)的Mac（Mac OS X Lion和更高版本的默認(rèn)設(shè)置）上，這些方向相反。

有兩種平移網(wǎng)絡(luò)的方法：

• 左鍵單擊并拖動(dòng)-您可以通過按住鼠標(biāo)左鍵并移動(dòng)鼠標(biāo)來(lái)平移網(wǎng)絡(luò)視圖。

• 在網(wǎng)絡(luò)概覽上拖動(dòng)框-您也可以通過左鍵單擊并拖動(dòng)視圖下部的概覽面板中的藍(lán)色框來(lái)平移視圖。

11.2。其他鼠標(biāo)操作

選擇

• 在節(jié)點(diǎn)，邊或注解上單擊鼠標(biāo)左鍵以選擇該元素。

• 按住Shift或Ctrl鍵（Command在Mac上為Mac），然后在節(jié)點(diǎn)，邊或注釋上單擊鼠標(biāo)左鍵以將其添加到選擇中。對(duì)所選元素執(zhí)行相同操作會(huì)取消選擇它。

• 按住畫布背景上的鼠標(biāo)左鍵，并在按住Shift或Ctrl鍵的同時(shí)拖動(dòng)鼠標(biāo)（Command在Mac上為Mac），以選擇節(jié)點(diǎn)/邊/注釋組。

• 請(qǐng)記住，只有在為該元素類型（即節(jié)點(diǎn)，邊線，注釋）啟用了選擇模式后，選擇動(dòng)作（鼠標(biāo)單擊或拖動(dòng)選擇）才起作用。為了啟用或禁用元素類型的選擇，只需在網(wǎng)絡(luò)視圖的底部切換相應(yīng)的按鈕（請(qǐng)參見下圖），或使用選擇→鼠標(biāo)拖動(dòng)選擇菜單下的選項(xiàng)。

_images / SelectionModeButtons.png

• • 因此，如果不想選擇任何節(jié)點(diǎn)，可以點(diǎn)擊紅框內(nèi)第一個(gè)圖標(biāo)

  • 如果您不想選擇任何邊緣，可以點(diǎn)擊紅框內(nèi)第二個(gè)圖標(biāo)

  • 同樣，如果您不想選擇任何注釋，可以點(diǎn)擊紅框內(nèi)第三個(gè)圖標(biāo)

相關(guān)信息

在節(jié)點(diǎn)/邊緣上單擊鼠標(biāo)右鍵（或在Mac上為Ctrl +左鍵）以啟動(dòng)上下文相關(guān)菜單，其中包含有關(guān)節(jié)點(diǎn)/邊緣的其他信息。

節(jié)點(diǎn)上下文菜單

該菜單可以根據(jù)當(dāng)前上下文進(jìn)行更改。對(duì)于節(jié)點(diǎn)，通常顯示：

• 加

• 擴(kuò)散

• 編輯

• 選擇

• 組

• 嵌套網(wǎng)絡(luò)

• 應(yīng)用

• 外部鏈接

• 偏好

邊緣通常具有以下菜單：

• 擴(kuò)散

• 編輯

• 選擇

• 應(yīng)用

• 外部鏈接

• 偏好

應(yīng)用程序可以將自己的項(xiàng)目貢獻(xiàn)到節(jié)點(diǎn)和邊緣上下文菜單中。這些添加通常顯示在上下文菜單的“應(yīng)用程序”部分中。

嵌套網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)上下文菜單

• 添加嵌套網(wǎng)絡(luò)：允許用戶選擇Cytoscape中的任何網(wǎng)絡(luò)作為當(dāng)前節(jié)點(diǎn)的嵌套網(wǎng)絡(luò)。如果當(dāng)前節(jié)點(diǎn)已經(jīng)具有嵌套網(wǎng)絡(luò)，它將被替換。

• 刪除嵌套網(wǎng)絡(luò)：從節(jié)點(diǎn)中刪除當(dāng)前關(guān)聯(lián)的嵌套網(wǎng)絡(luò)。關(guān)聯(lián)的網(wǎng)絡(luò)未刪除。僅刪除節(jié)點(diǎn)和網(wǎng)絡(luò)之間的關(guān)聯(lián)。

• 轉(zhuǎn)到嵌套網(wǎng)絡(luò)：當(dāng)前節(jié)點(diǎn)的嵌套網(wǎng)絡(luò)將是當(dāng)前網(wǎng)絡(luò)視圖并具有焦點(diǎn)。如果嵌套網(wǎng)絡(luò)的網(wǎng)絡(luò)視圖不存在，則將創(chuàng)建該視圖。

11.3。手動(dòng)布局

手動(dòng)組織網(wǎng)絡(luò)的最簡(jiǎn)單方法是單擊節(jié)點(diǎn)并將其拖動(dòng)。所有選定的節(jié)點(diǎn)一起移動(dòng)。

除了可以單擊節(jié)點(diǎn)并將其拖動(dòng)到新位置之外，Cytoscape現(xiàn)在還可以使用鍵盤上的箭頭鍵移動(dòng)節(jié)點(diǎn)。通過使用鼠標(biāo)選擇一個(gè)或多個(gè)節(jié)點(diǎn)并單擊箭頭鍵（←，↑，→，↓）之一，所選節(jié)點(diǎn)將沿所選方向移動(dòng)一個(gè)像素。如果在按住Shift鍵的同時(shí)按下箭頭鍵，則所選節(jié)點(diǎn)將沿所選方向移動(dòng)15個(gè)像素。

11.4。節(jié)點(diǎn)布局工具

通過菜單命令“視圖”→“顯示工具面板”，或通過“布局”→“節(jié)點(diǎn)布局工具”，可以使用“工具面板”。

它包含多個(gè)節(jié)點(diǎn)布局工具，可幫助自動(dòng)化或微調(diào)布局。

規(guī)模

調(diào)整“縮放”滑塊以更改邊緣的長(zhǎng)度。節(jié)點(diǎn)的位置將被縮放，而不是節(jié)點(diǎn)大小。節(jié)點(diǎn)大小可以使用Styles進(jìn)行調(diào)整 。下圖顯示了選定的（黃色）節(jié)點(diǎn)，其比例縮放為默認(rèn)值的50％。

之前

_images / NodeTools1.png

后

_images / NodeToolsScaled.png

旋轉(zhuǎn)

和規(guī)模的操作類似

對(duì)齊，分散和堆疊（Align，Distribute，Stack）

對(duì)齊為沿線垂直或水平對(duì)齊選定節(jié)點(diǎn)提供了不同的選項(xiàng)。區(qū)別在于節(jié)點(diǎn)的哪個(gè)部分對(duì)齊，例如，節(jié)點(diǎn)的中心，節(jié)點(diǎn)的頂部，節(jié)點(diǎn)的左側(cè)。分散沿著垂直或水平軸的兩個(gè)最遙遠(yuǎn)節(jié)點(diǎn)之間均勻地分配選擇的節(jié)點(diǎn)，差異再次取決于節(jié)點(diǎn)的哪個(gè)部分被用作分布的參考點(diǎn)。 垂直堆疊或水平堆疊，并帶有完整的對(duì)齊選項(xiàng)集。

11.5。邊緣彎曲和自動(dòng)邊緣捆綁

在Cytoscape 3.0中，Edge Bend是常規(guī)的edge屬性，可以用作Style的一部分。就像任何其他邊屬性一樣，您可以選擇默認(rèn)值，映射并為選擇節(jié)點(diǎn)使用繞過。在“樣式”選項(xiàng)卡中，從“屬性” 下拉列表中選擇“彎曲”屬性，然后單擊“默認(rèn)值”，“映射”或“旁路”單元以調(diào)出“邊緣彎曲編輯器”。在編輯器中，可以使用Windows上的Alt鍵+單擊，Mac上的Option鍵單擊或Linux上的Ctrl-Alt鍵單擊，向邊緣添加任意數(shù)量的句柄以進(jìn)行拖拽。

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要清除所有邊緣彎曲，請(qǐng)選擇布局→清除所有邊緣彎曲。

除了手動(dòng)添加手柄外，還可以使用“捆綁邊緣” 功能自動(dòng)捆綁所有或選定的邊緣。

_images / bundle2.png

1. 選擇布局→包邊→所有節(jié)點(diǎn)和邊。

2. 設(shè)置參數(shù)。

   • 該算法的詳細(xì)信息在本文中進(jìn)行了描述（http://www.win.tue.nl/~dholten/papers/forcebundles_eurovis.pdf）。

3. 按確定運(yùn)行。如果邊緣數(shù)量很多，邊緣捆綁可能會(huì)花費(fèi)很長(zhǎng)時(shí)間。

   • 如果花費(fèi)的時(shí)間太長(zhǎng)，請(qǐng)嘗試減少最大迭代次數(shù)。

   • 對(duì)于大型密集網(wǎng)絡(luò)，請(qǐng)嘗試將“最大迭代次數(shù)”設(shè)置為500-1000。

注意：手柄位置將針對(duì)節(jié)點(diǎn)的當(dāng)前位置進(jìn)行優(yōu)化。如果移動(dòng)節(jié)點(diǎn)位置，則需要再次運(yùn)行該功能以獲得正確的結(jié)果。

11.6。自動(dòng)布局算法

布局(Layout)菜單具有一系列功能，可根據(jù)幾種算法之一直觀地組織網(wǎng)絡(luò)，對(duì)齊和旋轉(zhuǎn)節(jié)點(diǎn)組以及調(diào)整網(wǎng)絡(luò)的大小。Cytoscape布局具有三種不同的來(lái)源，它們反映在 "Layout"菜單中。

Cytoscape布局可以選擇僅在選定的節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行，并且都提供一個(gè)Settings…面板來(lái)更改算法的參數(shù)。大多數(shù)Cytoscape布局還可以在執(zhí)行布局之前對(duì)圖形進(jìn)行分區(qū)。此外，這些布局中的許多布局都包含將節(jié)點(diǎn)列或邊列考慮在內(nèi)的選項(xiàng)。一些布局算法是：

網(wǎng)格布局grid_layout

網(wǎng)格布局是一種簡(jiǎn)單的布局，可將所有節(jié)點(diǎn)排列在一個(gè)正方形網(wǎng)格中。這是默認(rèn)布局，并且始終可作為Cytoscape核心的一部分使用。通過選擇布局→網(wǎng)格布局可以使用它。

邊緣加權(quán)彈簧嵌入式布局

彈簧嵌入的布局基于Kamada和Kawai（1988）實(shí)施的“力導(dǎo)向”范式。網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)被視為彼此排斥的物理對(duì)象，例如電子。節(jié)點(diǎn)之間的連接就像連接到一對(duì)節(jié)點(diǎn)上的金屬?gòu)椈梢粯訉?duì)待。這些彈簧根據(jù)力函數(shù)排斥或吸引其端點(diǎn)。布局算法以最小化網(wǎng)絡(luò)中力之和的方式設(shè)置節(jié)點(diǎn)的位置。通過從Layout→Edge-weighted Spring Embedded中選擇適當(dāng)?shù)倪x項(xiàng)，可以將該算法應(yīng)用于整個(gè)網(wǎng)絡(luò)或部分網(wǎng)絡(luò)。

屬性圓布局attribute_circle_layout

屬性圓”布局是一種快速，有用的布局，特別是對(duì)于小型網(wǎng)絡(luò)，該布局將圍繞圓定位網(wǎng)絡(luò)中的所有節(jié)點(diǎn)。節(jié)點(diǎn)順序由用戶選擇的節(jié)點(diǎn)列確定。結(jié)果是該列具有相同值的所有節(jié)點(diǎn)都圍繞圓放置在一起。使用布局→屬性圓布局→ 列將所有節(jié)點(diǎn)放置在圓周圍，并使用 列對(duì)其進(jìn)行定位。下面的示例屏幕截圖顯示了按節(jié)點(diǎn)度組織的galFiltered網(wǎng)絡(luò)的子集。

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組屬性布局

“組屬性”布局類似于上述的“屬性圓” 布局，不同之處在于，共享所有列的相同值的每組節(jié)點(diǎn)都被布置在一個(gè)單獨(dú)的圓中，而不是一個(gè)包含所有節(jié)點(diǎn)的圓。

11.7。yFile布局

Cytoscape提供了一組基于yFiles庫(kù)的布局算法。從Cytoscape 3.6開始，yFiles算法可通過Cytoscape App Store直接獲得。要安裝它們，請(qǐng)轉(zhuǎn)到布局→安裝yFiles，它將把您定向到App Store。單擊安裝 按鈕繼續(xù)。您將被引導(dǎo)到許可協(xié)議，并且一旦安裝了yFiles，yFiles布局將在“布局”菜單中可用。

yFiles中包含的布局算法是：

• 圓形布局

• 分層布局

• 分層布局所選節(jié)點(diǎn)

• 有機(jī)布局

• 正交布局

• 徑向布局

• 樹布局

• 正交邊緣路由器

• 有機(jī)邊緣路由器

11.8。布局參數(shù)

許多布局具有可調(diào)整的參數(shù)，這些參數(shù)可通過 Layouts→Settings…菜單選項(xiàng)顯示。在布局設(shè)置對(duì)話框，讓你選擇要調(diào)整的布局算法設(shè)置，如下圖所示。所顯示的設(shè)置因算法而異，只有那些允許訪問其參數(shù)的算法才會(huì)顯示在對(duì)話框頂部的下拉菜單中。修改參數(shù)后，單擊“執(zhí)行布局”按鈕將應(yīng)用布局。

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復(fù)制布局__Copycat Layout

Copycat布局使用一個(gè)網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)位置來(lái)布局另一個(gè)網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)。選擇布局→copycat layout 會(huì)顯示一個(gè)對(duì)話框，可讓您選擇源網(wǎng)絡(luò)（已布局）和目標(biāo)網(wǎng)絡(luò)（需要布局）。默認(rèn)情況下，Copycat通過節(jié)點(diǎn)名稱匹配源網(wǎng)絡(luò)和目標(biāo)網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)，但是您可以選擇任何匹配的節(jié)點(diǎn)屬性。

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