基因表達(dá)量的衡量指標(biāo)有：RPKM、FPKM、TPM。
RPKM：Reads Per Kilobase Million=Reads Per Kilobase Per Million Reads，即每一百萬條Reads中，對基因的每1000個(gè)Base而言，比對到該1000個(gè)base的Reads數(shù)。
R1=map到該基因的reads總數(shù)
L1=該基因長度
RT=map到基因組的總reads數(shù)
FPKM：Fragments Per Kilobase Million=Fragments Per Kilobase Per Million Reads。
F1=map到該基因的fragments總數(shù)
L1=該基因長度
FT=map到基因組的總fragments數(shù)
FPKM與RPKM的區(qū)別僅在于，F(xiàn)ragment 與 Read。
RPKM的誕生是針對早期的單端測序，F(xiàn)PKM則是在雙端測序上對RPKM的校正。
Reads即是指下機(jī)后fastq數(shù)據(jù)中的每一條Reads，F(xiàn)ragments則是指每一段用于測序的核酸片段。
在單端測序中，一個(gè)Fragments只測一條Reads，所以，Reads數(shù)與Fragments數(shù)目相等；
在雙端測序中，一個(gè)Fragments測兩端，會得到2條Reads，但由于后期質(zhì)量或比對的過濾，有可能一個(gè)Fragments的2條Reads最后只有一條進(jìn)入最后的表達(dá)量分析。
總之，對某一對Reads而言，這2條Reads只能算一個(gè)Fragments，所以，F(xiàn)ragment的最終數(shù)目是Reads的1到2倍之間。
TPM：Transcripts Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬映射讀取的Transcripts)。
TPM的計(jì)算分3步：
step1：根據(jù)基因/轉(zhuǎn)錄本長度校正count值；假設(shè)某基因count值為R1，則校正后count值為：
R1/(L1/1000) ： L1為該基因的長度；為什么要除以1000，是因?yàn)榛蜷L度要按照kb計(jì)算
step2：計(jì)算total 校正后count值；即所有基因的校正后count值總和，Rtotal；再除以1百萬(1000000)。
step3：計(jì)算TPM；TPM結(jié)果為：
