powermarker
Liu, K. and S.V. Muse, PowerMarker: an integrated analysis environment for genetic marker analysis. Bioinformatics, 2005. 21(9): p. 2128-2129.
下載地址

如果遇到|

Registered JIT Debugger is not available的問(wèn)題，嘗試卸載已有 .NET Framework 并選擇安裝新的 .NET Framework，安裝.NET Framework是確保當(dāng)前電腦時(shí)間為當(dāng)前時(shí)間。關(guān)于.NET Framework的版本可選擇1.1。打開(kāi)下載的powermarker安裝軟件，要是提示沒(méi)有安裝.NET Framework，會(huì)讓你選擇是否跳轉(zhuǎn)到當(dāng)前需要的.NET Framework版本網(wǎng)頁(yè)，安裝.NET Framework后再安裝 powermarker, powermarker的使用需要更改電腦時(shí)間為以前 如2011年。

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軟件已許久沒(méi)有更新，使用時(shí)需要更改電腦時(shí)間，才可以使用

案例
跟著案例操作，順利得到個(gè)體聚類結(jié)果，看來(lái)還是得學(xué)一下ggtree

本次使用主要 是用來(lái)計(jì)算PIC 及建樹(shù)
以下內(nèi)容記錄自手冊(cè)

Chapter 2: Tutorial

2.1 Creating a project

分析前需要先建立project

2.2: Importing a dataset

（1）導(dǎo)入數(shù)據(jù)，從文件或剪切板，需要選擇表頭中名稱的類型，即樣本名 種群名與loci 是屬于不同類型標(biāo)簽，樣本和種群名屬于 categorical type, loci屬于
Marker type, 接著指定數(shù)據(jù)文件中缺失數(shù)據(jù)，比如確實(shí)等位基因?yàn)? ， 就在填寫Missing allele 后填寫0， 軟件會(huì)將0識(shí)別為缺失數(shù)據(jù)。
導(dǎo)入powermarker的文本格式的格式如下，第一列，第二列為樣本id及種群名稱，需要在軟件內(nèi)選擇第一列第二列屬于什么內(nèi)容。

image.png

image.png

其他格式

（2）對(duì)導(dǎo)入的數(shù)據(jù)進(jìn)行一定的編輯
需要選擇數(shù)據(jù)中的表頭類型，選擇數(shù)據(jù)中sample. pop 為categorical類型，點(diǎn)擊column下的表頭然后點(diǎn)擊下方的藍(lán)色類型（Marker等）即可修改數(shù)據(jù)中表頭類型。

txt數(shù)據(jù)導(dǎo)入后

（3） 其他參數(shù)

讀入的結(jié)果

參數(shù)

數(shù)據(jù)導(dǎo)入成功后就可以進(jìn)行分析

2.3: Choosing a subset from the dataset

可計(jì)算Missing proportion，并根據(jù)值篩選子集

2.4: Producing a table of summary statistics

,CERVUS軟件也可以計(jì)算PIC, Powermarker 也可計(jì)算 如下其他參數(shù)

image.png

2.4 做聚類

首先是對(duì)數(shù)據(jù)計(jì)算頻率，然后計(jì)算距離，然后建樹(shù)，如下圖

image.png

計(jì)算frequency

DIstance

建樹(shù)