關(guān)于測(cè)序數(shù)據(jù)去重問(wèn)題網(wǎng)上有很多大神的分析，我就不濫竽充數(shù)了，我挑取了幾篇比較好的文章:

第二代測(cè)序原理的詳細(xì)解析！
高通量測(cè)序之duplicated reads
試論NGS數(shù)據(jù)的Duplication問(wèn)題
如何去除二代測(cè)序數(shù)據(jù)中的PCR duplication才科學(xué)？

對(duì)于甲基化測(cè)序來(lái)說(shuō)，主要根據(jù)建庫(kù)的不同來(lái)看是否需要去重：

• 全基因組甲基化測(cè)序（WGBS）：跟普通測(cè)序一樣，需要去重
• 簡(jiǎn)并代表性甲基化測(cè)序（RRBS）：由于酶切位點(diǎn)是固定，自然會(huì)產(chǎn)生較多的重復(fù)片段，因此不需去重
• 靶向甲基化測(cè)序（TBS）：屬于擴(kuò)增子測(cè)序，因?yàn)槠螏缀醵际怯赡告湐U(kuò)增出來(lái)的，同一區(qū)域會(huì)擴(kuò)增出來(lái)許多相同的擴(kuò)增子，只要控制PCR過(guò)程不產(chǎn)生較大的bias就沒(méi)有問(wèn)題，因此也不必去重。