https://carveme.readthedocs.io/en/latest/usage.html
加入培養(yǎng)基信息
Media database
CarveMe?comes with a very small pre-built library of media compositions:
LB?(Lysogeny broth)
LB[-O2]?(Lysogeny broth, anaerobic)
M9?(Minimal M9 medium)
M9[-O2]?(Minimal M9 medium, anaerobic)
M9[glyc]?(Minimal M9 medium, glycerol as carbon source)
用戶可以提供自己的培養(yǎng)基（個人感覺比較難，因為很多培養(yǎng)基使用的蛋白胨、牛肉浸粉、酵母粉成分復雜，方便起見，可以在軟件自配的LB培養(yǎng)基的基礎上進行增加）：
carve genome.faa --gapfill X,Y,Z --mediadb mylibrary.tsv
mylibrary.tsv存儲用戶自己的培養(yǎng)基庫，該庫必須是一個制表符分隔的文件，包含四列：
第一列是培養(yǎng)基名稱的簡寫，例如：LB
第二列是培養(yǎng)基描述，例如：Lysogeny broth
第三列是化合物id，必須要是BiGG數(shù)據(jù)庫種的代謝物名稱id
第四列是化合物的描述，例如：?Glucose
請注意，目前 CarveMe 僅支持BiGG 數(shù)據(jù)庫中的代謝物 ID。
培養(yǎng)基庫示例文件（注意：提供的培養(yǎng)基必須包含生命所需的最小營養(yǎng)物質(zhì)，及M9培養(yǎng)基中的無機離子）
通過網(wǎng)盤分享的文件：carveme-master.zip
鏈接: https://pan.baidu.com/s/1tlmTz5qhDq8WH-eMPOu-ig?pwd=s9tm 提取碼: s9tm
文件中 carveme-master.zip\carveme-master\carveme\data\input\media_db.tsv? 即為培養(yǎng)基參考示例的原文
