在運(yùn)行cellphonedb的時(shí)候遇到這句
karate_groups <- cluster_optimal(net) #統(tǒng)計(jì)每個(gè)端點(diǎn)的和
報(bào)錯(cuò)具體原因是這個(gè)函數(shù)cluster_optimal是在igraph這個(gè)包里面要用到GLPK好像是這個(gè),然后它自從igraph包1.2.1以后就被移除了,所以要自己安這個(gè),但是我也試過了,linux安裝需要用到sudo,如果你不是root用戶,還是不要安裝了,
直接換個(gè)思路就是安裝igraph小于1.2.1版本的就行,下載的時(shí)候直接進(jìn)入r的cran,直接搜這個(gè)igraph,然后打開以后找到以往的版本,就可以下載到1.2.1以前的了,這時(shí)候要注意我是已經(jīng)安裝了igraph以后又安裝了低版本的,好像不太行,需要卸掉以前下載的igraph,要是和我一樣不知道怎么卸載版本問題的話,很簡(jiǎn)單就直接把所有的igraph都卸載了,然后重新install安裝,這是偶要注意直接library是不會(huì)成功的,需要重新啟動(dòng)r,這樣就可以正常運(yùn)行了!
關(guān)于cellphonedb有很多的帖子大家可以自己去搜一下,寫的都很好的。