下載解壓
網(wǎng)址：
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
選擇預(yù)編譯的linux版本
ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz
可以用wget ；或者下載后上傳服務(wù)器
解壓
tar -zxvf ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz
解壓后的文件名是ncbi-blast-2.10.1+ blast+
我把它修改成了 blast+
絕對(duì)路徑
/home/user024/blast+
添加環(huán)境變量
將BLAST+可執(zhí)行程序所在目錄（bin）的絕對(duì)路徑加入到環(huán)境變量$PATH中，方便通過(guò)程序名直接調(diào)用。
可以用 vim 編輯器，在 ~/.bashrc文件 最后輸入如上一行
按 i 進(jìn)入輸入模式，在最后加入以下行：
export PATH=/home/user024/blast+/bin:$PATH
按 esc 退出輸入模式，進(jìn)入命令模式。輸入 :wq 保存并退出
使之生效
source ~/.bashrc
驗(yàn)證
blastn -version
出現(xiàn)版本信息和建立的日期，就證明成功啦
本地化庫(kù)
參見(jiàn)
ref1：
http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/#
比對(duì)程序
建庫(kù)
makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name
-dbtype 后接序列類(lèi)型，nucl為核酸，prot為蛋白
-parse_seqids 推薦加上
-out 后接數(shù)據(jù)庫(kù)名
-logfile 日志文件，如果沒(méi)有默認(rèn)輸出到屏幕
比對(duì)
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5
-query： 輸入文件路徑及文件名
-out：輸出文件路徑及文件名
-db：格式化了的數(shù)據(jù)庫(kù)路徑及數(shù)據(jù)庫(kù)名
-outfmt：輸出文件格式，總共有12種格式，6是tabular格式對(duì)應(yīng)之前BLAST的m8格式
-evalue：設(shè)置輸出結(jié)果的e-value值
-num_alignments 顯示比對(duì)數(shù)Default = 250
-num_descriptions：?jiǎn)涡忻枋龅淖畲髷?shù)目 default=50
-num_threads：線程
格式6輸出結(jié)果——
Query id
Subject id
% identity
alignment length
mismatches
gap openings
q. start
q. end
s. start
s. end
e-value
bit score
