先設置resolution為大眾化的0.5，初步鑒定各分群是什么細胞，觀察感興趣的分群形狀是否有繼續(xù)分群的趨勢。
采用clustree可視化不同resolution下各分群的裂變情況
res_used <- c(0.5,0.8,1.0,1.2,1.5)
for(i in res_used){
? res_tree <- FindClusters(object = sce.mergeTEN, verbose = T, resolution = res_used)
}?
library(clustree) #install.packages("clustree")
clus.tree.out <- clustree(res_tree) +
? theme(legend.position = "bottom") +
? scale_color_brewer(palette = "Set1") +
? scale_edge_color_continuous(low = "grey80", high = "red")
clus.tree.out #圓圈的大小代表細胞數目 #箭頭的灰色和紅色表示分支過去的細胞數
#存圖
可以非常清晰的看到，隨著resolution的調高，具體是哪些群在不停地繼續(xù)裂變成為多個群，并根據研究目的選擇合適的resolution
