近來在進行染色體級別基因組的分析。

使用pindel軟件對染色體的結(jié)構(gòu)變異進行檢測。

在計算過程中發(fā)現(xiàn)，和delly不同，pindel需要使用二代數(shù)據(jù)（*.bam）并識別索引“.bai”而不識別“.csi”。

由于我的基因組組裝至chromsome(scaffold)水平，因此scaffold1>512M。

本人系統(tǒng)默認samtools在對其進行索引建立的過程中報錯如下，

[E::hts_idx_check_range] Region 536870752..536870915 cannot be stored in a bai index. Try using a csi index with min_shift = 14, n_lvls >= 6

[E::sam_index] Read '***' with ref_name='hic_scaffold_1', ref_length=569202264, flags=97, pos=536870753 cannot be indexed

samtools index: failed to create index for "***.bam": Numerical result out of range

通過檢測samtools版本發(fā)現(xiàn)

samtools --version 檢測版本?

進而通過查閱發(fā)現(xiàn)其他策略解決，

包括1、切割染色體，使用bed文件對內(nèi)容進行切割，本人沒有嘗試過

2、聽說biobambam2可以構(gòu)建，本人也沒有嘗試過。

3、使用其他版本samtools，這是我使用的解決辦法。

首先找到其他版本的samtools, 這里根據(jù)網(wǎng)上的提示我找到的是samtools-0.1.13版本

在網(wǎng)頁https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/

在linux界面使用

wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-0.1.13.tar.bz2

tar -jxvf?samtools-0.1.13.tar.bz2

make

./samtools 運行看是否可以用。

使用絕對路徑直接調(diào)用samtools即可解決samtools不能index過長scaffold的問題。