linux都無法掌握，就 不要學(xué)生信了，沒有意義，需要時間和努力才能掌握linux，也不要妄想就接觸了linux一天就做完下面的題目，需要購買linux書籍加上一個月的持續(xù)學(xué)習(xí)！

重點：

(去可視化概念+練習(xí)) 了解 命令+參數(shù)+文件 的模式

基礎(chǔ)知識:cd -, cd .. , cd -, history, !5 , /home/ , /tmp/ , >,&，jobs,nohup 1,2,0 文件目錄操作：ls,cd,pwd,mkdir,rm,mv,cp,touch,head,tail,less,more 系統(tǒng)管理： df,du,top,free,ps,ipconfig,netstat,ssh,scp, 用戶權(quán)限：chown,chgrp,groups,ls

文本操作：awk,grep,sed,paste,cat,diff,wc,vi

使用騰訊云實驗室的linux服務(wù)器： [link]https://cloud.tencent.com/developer/labs/lab/10000

參考 生物信息學(xué)常見1000個軟件的安裝代碼！： [link]http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html 來安裝軟件。

如果學(xué)完了，理論上你看下面的總結(jié)應(yīng)該是有茅塞頓開的感覺。

linux命令行文本操作一文就夠：[link]http://1t.click/vvM

linux系統(tǒng)環(huán)境變量一文就夠：[link]http://1t.click/vvS

構(gòu)建shell腳本一文就夠：[link]http://1t.click/vvW

一、在任意文件夾下面創(chuàng)建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9格式的文件夾系列。

二、在創(chuàng)建好的文件夾下面，比如我的是/Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9，里面創(chuàng)建文本文件 me.txt

三、在文本文件me.txt里面輸入內(nèi)容:

Go to: http://www.biotrainee.com/
I love bioinfomatics.
And you ?

前三題效果如下：

在這里插入圖片描述

四、刪除上面創(chuàng)建的文件夾 1/2/3/4/5/6/7/8/9及文本文件me.txt

五、在任意文件夾下面創(chuàng)建 folder1~5這5個文件夾，然后每個文件夾下面繼續(xù)創(chuàng)建 folder1~5這5個文件夾，效果如下：

在這里插入圖片描述

七，再次刪除掉前面幾個步驟建立的文件夾及文件

八、下載http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed文件，后在里面選擇含有 H3K4me3 的那一行是第幾行，該文件總共有幾行。

九、下載http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip文件，并且解壓，查看里面的文件夾結(jié)構(gòu)

十、打開第九題解壓的文件，進(jìn)入rmDuplicate/samtools/single文件夾里面，查看后綴為 .sam的文件，搞清楚 生物信息學(xué)里面的SAM/BAM定義是什么。

十一、安裝 samtools軟件

十二、打開 后綴為BAM的文件，找到產(chǎn)生該文件的命令。 提示一下命令是：

/home/jianmingzeng/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 20 -x /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38 -S /home/jianmingzeng/data/public/allMouse/alignment/WT_rep2_Input.sam -U /tmp/41440.unp

十三題、根據(jù)上面的命令，找到我使用的參考基因組 /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38具體有多少條染色體。

十四題、上面的后綴為BAM的文件的第二列，只有 0 和 16 兩個數(shù)字，用 cut/sort/uniq等命令統(tǒng)計它們的個數(shù)。

十五題、重新打開rmDuplicate/samtools/paired文件夾下面的后綴為BAM的文件，再次查看第二列，并且統(tǒng)計

十六題、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip文件，并且解壓，查看里面的文件夾結(jié)構(gòu)， 這個文件有2.3M，注意留心下載時間及下載速度。

十七題、解壓 sickle-results/single_tmp_fastqc.zip文件，并且進(jìn)入解壓后的文件夾，找到 fastqc_data.txt文件，并且搜索該文本文件以>>開頭的有多少行？

十八題、下載http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss文件，去NCBI找到TP53/BRCA1等自己感興趣的基因?qū)?yīng)的 refseq數(shù)據(jù)庫 ID，然后找到它們的hg38.tss文件的哪一行。

[link]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157

十九題、解析hg38.tss文件，統(tǒng)計每條染色體的基因個數(shù)。

二十題、解析hg38.tss文件，統(tǒng)計NM和NR開頭的熟練，了解NM和NR開頭的含義。

本文作者：生信技能樹團(tuán)隊