文章題目
Visualizing genomic information across chromosomes with PhenoGram
發(fā)表期刊及完成單位
BioData Mining
大類生物4區(qū)
小類數(shù)學與計算生物學3區(qū)
影響因子1.912
發(fā)表年份2013
完成單位 The Pennsylvania State University
The Huck Institutes of the Life Sciences
論文本地文件名稱 1756-0381-6-18.pdf
這個工具的基本功能是：可視化展示某些特征在染色體上的位置，比如snp、基因等。可以看下軟件官網(wǎng)提供的一些例子 http://visualization.ritchielab.org/phenograms/examples
目前我用到的可能是展示某個基因家族所有基因在染色體上的分布情況。
軟件的幫助文檔 http://visualization.ritchielab.org/phenograms/document
這個軟件可以在線使用，也可以下載到本地使用，在線使用還挺方便的，本地使用的方法暫時還沒有探索，本地下載鏈接 https://ritchielab.org/software/phenogram-downloads
在線使用鏈接
http://visualization.ritchielab.org/phenograms/plot
如果我想畫某個基因家族在染色體上的分布的話
最基本的使用需要準備兩個輸入文件，文件用tab鍵分割
- 染色體的信息
第一列 包括染色體編號
第二列 染色體的長度
第三列 還可以指定著絲粒（centromere）的位置,（可以不指定這個信息）
示例文件
ID size
1 10000
2 12000
3 11000
4 10500
- 基因家族的位置信息
第一列 基因名稱
第二列 染色體編號
第三列 基因在染色體上的位置，不是區(qū)間是單一的數(shù)字，比如基因的起始位置或者終止位置
第四列 圖上展示的基因名稱，可以和第一列一樣
第四列 所屬基因家族
示例文件
gene chr pos phenotype ethnicity
1 1 1049 Gene1 Family1
2 1 2049 Gene2 Family1
3 1 3049 Gene3 Family1
4 1 4604 Gene4 Family1
5 1 5604 Gene5 Family1
6 1 6604 Gene6 Family1
7 2 4302 Gene7 Family2
8 2 5302 Gene8 Family2
9 2 6302 Gene9 Family2
10 2 7042 Gene10 Family3
11 2 8042 Gene11 Family3
12 2 9042 Gene12 Family3
13 3 1049 Gene13 Family3
22 3 2049 Gene22 Family4
32 3 3049 Gene32 Family4
42 3 4604 Gene42 Family4
52 3 5604 Gene52 Family4
62 3 6604 Gene62 Family5
72 4 4302 Gene72 Family5
82 4 5302 Gene82 Family5
92 4 6302 Gene92 Family5
102 4 7042 Gene102 Family5
112 4 8042 Gene112 Family5
122 4 9042 Gene122 Family5
第一行是列名不能變
鏈接http://visualization.ritchielab.org/phenograms/plot
input file 上傳基因家族位置信息
Title 自己寫，會展示在圖片的上方
Genome選other，然后上傳自己準備的染色體信息
Phenotype spacing 和 Phenotype color 有三個選項，可以自己分別試一試
圖片格式三個可選，分別是jpg,png和pdf
Zoom options 和Additional options暫時不管
直接點plot就可以了
最終的結(jié)果
歡迎大家關(guān)注我的公眾號 小明的數(shù)據(jù)分析筆記本
