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安裝環(huán)境

Ubuntu18.10
velveth - simple hashing program
Version 1.2.09
velvetg - de Bruijn graph construction, error removal and repeat resolution
Version 1.2.09

安裝

sudo apt install velvet
也可以從官網下載
https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

試用

使用手冊：
https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/Manual.pdf

在手冊里搜索velveth和velvetg可以查看使用這兩個命令的方式。
先用velveth然后velvetg
手冊里還有輸出文件的說明。

問題

但是生成的文件我沒弄明白
比如 由sample.fa經過velveth生成的Sequences,然后經過velvetg生成的contigs.fa，Sequences.fa里的序列和sample.fa里的一樣，但是改了格式又加了一些數(shù)字，但是contigs.fa里數(shù)據(jù)變了，沒看懂咋回事。