PROPKA3是一個基于經(jīng)驗的pKa預測工具，在3.1版本中還加入了蛋白配體復合物的pKa預測。其是計算蛋白電荷的知名服務PDB2PQR中使用的pKa預測工具，其包全為Python所寫。
其Github地址如下:https://github.com/jensengroup/propka-3.1

首先從github中下載安裝包:
然后進行常規(guī)的安裝，要求python2.7或者python3.1及以上

cd propka-3.1
python setup.py install --user

使用的方法也非常簡單，例如:

propka31 1hpx.pdb

其計算方法主要是增加了庫侖力與氫鍵的作用，例如:

Glu 17 and Glu 178 in Bacillus agaradhaerens xylanase

因為Arg 49與Glu 17庫倫聯(lián)系使得其大約降低1.7pH的pKa值，與Lys53的聯(lián)系使得降低了1.9pH（0.9的氫鍵聯(lián)系和1.0的庫倫作用）

值得注意的是其好像只計算極性氨基酸殘基的pKa值，例如1HPX-warn.pdb

而其result為:

7.95

只有一個數(shù)據(jù)

參考文獻:

• Sondergaard, Chresten R., Mats HM Olsson, Michal Rostkowski, and Jan H. Jensen. "Improved Treatment of Ligands and Coupling Effects in Empirical Calculation and Rationalization of pKa Values." Journal of Chemical Theory and Computation 7, no. 7 (2011): 2284-2295.

• Olsson, Mats HM, Chresten R. Sondergaard, Michal Rostkowski, and Jan H. Jensen. "PROPKA3: consistent treatment of internal and surface residues in empirical pKa predictions." Journal of Chemical Theory and Computation 7, no. 2 (2011): 525-537.

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