C語言是一種面向底層的編程語言，要寫好C程序，必須對操作系統(tǒng)的工作原理非常清楚，因為操作系統(tǒng)也是用C寫的，我們用C寫應(yīng)用程序直接使用操作 系統(tǒng)提供的接口。Linux是一種開源的操作系統(tǒng)，你有任 何疑問都可以從源代碼和文檔中找到答案，即使你看不懂源代碼，也找不到文檔，也很容易找個 高手教你，各種郵件列表、新聞組和論壇上從來都不缺樂于助人的高手；而Windows是一種封閉 的操作系統(tǒng)，除了微軟的員工別人都看不到它的源代碼，只能通過文檔去猜測它的工作原理，更糟糕的是，微軟向來喜歡藏著揶著，好用的功能留著自己用，而不會寫到文檔里公開。

在編寫程序的過程中，如果都是使用C語言標(biāo)準(zhǔn)庫，比如scanf和printf函數(shù)，基本上一樣的，沒有涉及到系統(tǒng)的庫函數(shù)或者編程方法（即只用符合ANSI C標(biāo)準(zhǔn)的代碼和方法）的時候就沒有什么區(qū)別。

如果涉及到系統(tǒng)編程，二者就有所區(qū)別，主要是庫函數(shù)有所不同，而且文件的系統(tǒng)也不同、對某些函數(shù)的執(zhí)行方式也不同。C語言的底層開發(fā)就涉及到了系統(tǒng)內(nèi)核的問題，對于linux來說，可以清楚的知道它里面是什么結(jié)構(gòu)。編輯器環(huán)境不一樣，linux采用gcc編譯器，gdb調(diào)試工具，和多種可視化的編輯器如emacs、kedit等等，也有文本的vim，GDB的功能是非常強大的。另外，所針對的人群也有所不同，windows主要是面向商業(yè)化的開發(fā)，而絕大多數(shù)的編程愛好者則屬于自由開闊的系統(tǒng)下編程，不愿意禁錮在windows下。此外，在版權(quán)問題方面，也有很大的差別。windows系統(tǒng)下面好多好多東西都涉及版權(quán)問題，linux的free軟件雖然是開放軟件，不過好多都是免費用于商業(yè)化的。