文章題目

Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes

期刊

frontiers in Genetics
25 September 2020
University of Helsinki

這個(gè)工具是一個(gè)shiny應(yīng)用 鏈接是 https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/ 應(yīng)該是和IRscope同一撥人開(kāi)發(fā)的

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可以看到這個(gè)界面就很像。

主要功能是上傳GB文件，畫(huà)細(xì)胞器基因組的圈圖，之前實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能大部分人可能會(huì)使用 ORGDRAW這個(gè)工具 https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/OGDraw.html。這個(gè)工具都是很長(zhǎng)時(shí)間之前的了。細(xì)胞器基因組的研究可能相對(duì)關(guān)注的人少一點(diǎn)，基本很少有新的可視化工具出來(lái)。

這個(gè)shiny應(yīng)用還挺好用的，直接上傳genbank格式文件，就可以獲得結(jié)果。如果是葉綠體基因組，還可以在圖上顯示反向重復(fù)區(qū)的信息。而且可以根據(jù)genbank文件直接自己判斷是葉綠體還是線粒體。而且還可以添加額外的注釋信息。具體應(yīng)該如何準(zhǔn)備這些額外的信息，比如基因表達(dá)量等等。等自己可能會(huì)用到的時(shí)候再來(lái)學(xué)習(xí)吧。

他還可以自己選配色

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這個(gè)默認(rèn)的配色我感覺(jué)還挺好看的，上面顯示了顏色值，我們自己用R語(yǔ)言做圖的時(shí)候可以直接使用這個(gè)顏色值。

結(jié)果圖還挺酷炫的，下面是論文中的幾幅配圖

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正在做細(xì)胞器基因組研究的可以考慮使用這個(gè)shiny應(yīng)用重新畫(huà)一下自己的圈圖了。

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