利用GEO2R篩選差異基因及維恩圖快速入門

此教程無需R語言

Step 1 確定需要檢索的芯片

例如 GSE33006

Step 2 利用GEO2R分析差異基因

GEO2R https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/

Quick start

  • Specify a GEO Series accession and a Platform if prompted.
  • Click 'Define groups' and enter names for the groups of Samples you plan to compare, e.g., test and control.
  • Assign Samples to each group. Highlight Sample rows then click the group name to assign those Samples to the group. Use the Sample metadata (title, source and characteristics) columns to help determine which Samples belong to which group.
  • Click 'Top 250' to perform the calculation with default settings.
  • Results are presented as a table of genes ordered by significance. The top 250 genes are presented and may be viewed as profile graphs. Alternatively, the complete results table may be saved.
  • You may change settings in Options tab.
    右鍵存為txt格式

Step 3 差異基因數(shù)據(jù)導(dǎo)入excel

獲取數(shù)據(jù)（從文件獲取）


Step 4 利用網(wǎng)站制作維恩圖

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

圖片.png

從Excel篩選P值小于閾值的基因名稱（Gene.symbo）
錄入后點(diǎn)subimit
得到維恩圖

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