monocle2在解決細胞軌跡排布結果可讀性上確實讓人歡喜，但monocle2有個致命的確定，就是分析的細胞數(shù)目有限，最近在分析一個65000多個細胞時的數(shù)據(jù)量時，在order細胞的時候就報錯了。第一步先把其monocle3 安裝上吧。
image.png
詳情見github上提出的issue:138
https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/138
monocle3的安裝也是狀態(tài)百出，依然出現(xiàn)之前安裝seurat時版本不兼容的問題。不過沒關系，問題總是人解決的嘛。我這里采用的R的版本是R version 3.6.1 (2019-07-05)
先根據(jù)官網(wǎng)的安裝方法，一步一步進行操作吧。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()
以上安裝均在R中交互進行，也沒有出現(xiàn)報錯。
接下來交互界面安裝以下包。
BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats',
'limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment',
'SummarizedExperiment', 'batchelor'))
前面一些包都還比較順利，但是batchelor這個包死活被安排成版本不兼容。
image.png
接下來，我采用conda的形式進行安裝。conda安裝r可以參考我之前的簡書。http://www.itdecent.cn/p/d90da82c4b54
第三步，用devtools安裝leidenbase和monocle3：
install.packages("devtools")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')
我的集群上從github上安裝leidenbase總是顯示以下報錯：
我退出R后進行重試，又可以了，私以為可能是網(wǎng)絡的問題。。。
接下來安裝monocle3。
大家如果有其他需要conda下載的軟件，可以去https://anaconda.org/bioconda/進行下載，輸入想要的軟件名稱，到搜索結果界面后，選擇對應的版本號進行下載。界面如下圖所示：
To install this package with conda run one of the following:
conda install -c bioconda r-monocle3
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')
采用devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 進行安裝
在安裝時出現(xiàn)報錯rgdal的報錯，
查了一些方法，采用conda install gdal直接解決了，不需要root權限。但是版本號一定要是2.0.1以上，不然無法安裝sf。
把這個問題解決了，在進行devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 安裝。
安裝的問題太多了，還好我沒有放棄~
最后查看一下是否安裝成功:
library(monocle)
查看版本號。
package.version(monocle)
參考：
https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/installation/
https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/issues/15212
http://www.itdecent.cn/p/e94cff521ebc
