R包小抄的介紹：

R包都有自己的說明書（cheatsheet），俗稱小抄。在對包有了一定的了解后，小抄是一個很好的學習操作指南，但是對于新手來說，很有可能完全看不懂。今天的教程有一部分參照了小抄，并作出了通俗的解釋。相信跟著教程走下去，就可以學個七七八八，跟著練練，然后自己研究一下小抄，一個R包就學個差不多啦。

準備工作part1：學會獲取一個R包的小抄

方法1：去百度/谷歌XX小抄
方法2：找Rstudio的cheatsheet網(wǎng)站（網(wǎng)速好慢的）
https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
方法3：到生信星球公眾號回復相應的包名來獲取

準備工作part2：初步了解tidyr

它的功能主要有：
（1）數(shù)據(jù)框的變形
（2）處理數(shù)據(jù)框中的空值
（3）根據(jù)一個表格衍生出其他表格
（4）實現(xiàn)行或列的分割和合并
　　這個包是把你要用的數(shù)據(jù)處理成標準而統(tǒng)一的數(shù)據(jù)框（Tidy Data，），才能進行進一步的數(shù)據(jù)處理和作圖。

準備工作part3--學習極簡安裝R包：

1.下載和安裝tydir：install.packages("tidyr")
2.在控制臺輸入：library(tidyr)加載

準備工作part4：數(shù)據(jù)框的小常識
1.新建數(shù)據(jù)框(這里直接把新建的數(shù)據(jù)框賦值給了a)
a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
新建一個數(shù)據(jù)框并賦值給bioplanet這個變量（賦值符號<-還記得嘛）括號里是“列名”=列值，這里列名要加雙引號。這里涉及的幾個給列填充數(shù)值的函數(shù)有
rep，重復，括號中填要重復的字符和重復次數(shù)。
paste，連接兩個字符串，括號要填兩個代連接字符并指定分隔符（sep），沒有分隔符就填sep=“”。
1：3表示從1到3。如需一列中需要填入三個無規(guī)律的數(shù)字，可以用向量c(1，3，4)，同樣如果填的是字符串也需要加雙引號，例如c("doudou","huahua","xiaoyu")。
2.了解概念：key-value--“鍵值對” ，表示一種對應關系。“鍵”和“值”都是列名，如SampleName和Expression的對應。
3.函數(shù)后面一般都要加括號，括號里第一個參數(shù)是都數(shù)據(jù)框名
4.字符串要加雙引號（行名和列名也是字符串，但是可以不用加），其他單元格（姑且這么叫了）里出現(xiàn)的字符串要加。

準備工作part5：認識Tidy Data

這是一種組織表格數(shù)據(jù)的方式，提供了一種能夠跨包使用的“統(tǒng)一”的數(shù)據(jù)格式。
什么叫“統(tǒng)一”：每個變量（variable）占一列，每個情況（case，姑且這么翻譯）和觀測值（observation）占一行。

tidyr包的應用

1.Reshape Data

gather：我就是剛才的魔法棒
spread：我能讓tidy data一夜回到解放前。
輸入數(shù)據(jù)（舉例）：a<-data.frame(country=c("A","B","C"),1999=paste(c(0.7,37,212),"K"),2000=paste(c(2,80,213),"K"))
gather(a,X1999,X2000,key = "year",value = "cases") gather括號里的分別是：數(shù)據(jù)框名，需合并的列名（兩個），合并后的key列名，value列名。
gather(a,"year","cases",X1999,X2000) #推薦的偷懶做法
gather(a,year,cases,-country) #-country的意思就是合并除country外剩下的列。
結(jié)果示例：

image.png

2.Handle Missing Values

三種處理方式：
(1).刪除整行
(2).根據(jù)上下文（瞎）蒙一個
(3).同一列的空值填上同一個數(shù)。
X<-read.csv('doudou.txt')讀取數(shù)據(jù)

drop_na()：有空值的，整行刪除掉

括號里填數(shù)據(jù)框名，依據(jù)的列名（有空值那一列的列名）
如drop_na(X,X2)

fill()，根據(jù)上一行的數(shù)值填充上（好應付的感覺）

如fill(X,X2)

replace_na()，空值填進去特定的一個數(shù)值（還是在應付）

括號里填數(shù)據(jù)框名，要填的列名=要填的值
replace_na(X,list(X2=2))

3. Expand Tables

complete（把空值的位置補全）

image.png

expand

數(shù)據(jù)pin2<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
結(jié)果示例：

image.png

4.split cells(選修)

separate：按列分割
separate_rows：按行分割
unite：分割完了再合并回去
思維導圖：

image.png