作者，Evil Genius
關于數(shù)據(jù)整合，前面分享過了，在
課前準備---10X visium、10X visium HD、Stereo-seq之間的技術比較與Stereo-seq數(shù)據(jù)多樣本整合
課前準備---空轉（visium）整合分析的生物學解讀
但是我們上課要把腳本優(yōu)化好，一個腳本實現(xiàn)10X visium 或者華大Stereo的數(shù)據(jù)整合。
其中華大的數(shù)據(jù)格式與10X不同，我們要把華大數(shù)據(jù)轉化成標準的anndata格式，進行整合，方便后續(xù)的cell2location的聯(lián)合分析。
封裝類腳本，參數(shù)如下，python代碼確實運行的非?？臁?/h4>
# 參數(shù)設置
parser = argparse.ArgumentParser(description='整合分析10X Visium和Stereo-seq(GEF)數(shù)據(jù)')
parser.add_argument('--input', required=True, help='樣本信息文件，兩列：樣本名和路徑')
parser.add_argument('--format', required=True, choices=['10x', 'gef'], help='輸入數(shù)據(jù)格式')
parser.add_argument('--output', required=True, help='輸出目錄')
parser.add_argument('--method', choices=['harmony', 'bbknn'], default='harmony', help='批次校正方法')
parser.add_argument('--resolution', type=float, default=0.5, help='聚類分辨率')
parser.add_argument('--min_genes', type=int, default=500, help='每個細胞最少基因數(shù)')
parser.add_argument('--min_cells', type=int, default=10, help='每個基因最少細胞數(shù)')
parser.add_argument('--mt_threshold', type=float, default=10.0, help='線粒體基因百分比閾值')
parser.add_argument('--bin_size', type=int, default=50, help='GEF數(shù)據(jù)的bin大小')
args = parser.parse_args()
準備好數(shù)據(jù)
![]()
完整的封裝腳本如下
# 參數(shù)設置
parser = argparse.ArgumentParser(description='整合分析10X Visium和Stereo-seq(GEF)數(shù)據(jù)')
parser.add_argument('--input', required=True, help='樣本信息文件，兩列：樣本名和路徑')
parser.add_argument('--format', required=True, choices=['10x', 'gef'], help='輸入數(shù)據(jù)格式')
parser.add_argument('--output', required=True, help='輸出目錄')
parser.add_argument('--method', choices=['harmony', 'bbknn'], default='harmony', help='批次校正方法')
parser.add_argument('--resolution', type=float, default=0.5, help='聚類分辨率')
parser.add_argument('--min_genes', type=int, default=500, help='每個細胞最少基因數(shù)')
parser.add_argument('--min_cells', type=int, default=10, help='每個基因最少細胞數(shù)')
parser.add_argument('--mt_threshold', type=float, default=10.0, help='線粒體基因百分比閾值')
parser.add_argument('--bin_size', type=int, default=50, help='GEF數(shù)據(jù)的bin大小')
args = parser.parse_args()
